如何构建多糖的结构文件

ZLQ · 发表于 Post on 2026-1-3 22:09:09

想做一个酸性多糖与壳寡糖（碱性）的分子自组装模拟，关于多糖的建模文件该怎么构建呢，charmm-gui有些键无法识别，而chemdraw画的结构没办法匹配charmm36力场

jamesl · 发表于 Post on 2026-1-4 10:23:25

可以使用GLYCAM构建，如果你使用amber力场的话，可以直接使用GLYCAM力场参数
参考这两篇博文
糖及其GLYCAM力场中的命名约定
https://jerkwin.github.io/2017/0 ... %E7%BA%A6%E5%AE%9A/
Amber构建寡糖的方法
https://jerkwin.github.io/2017/0 ... %E6%96%B9%E6%B3%95/

yuzc · 发表于 Post on 2026-1-4 11:38:32

ZLQ · 发表于 Post on 2026-1-4 20:07:08

yuzc 发表于 2026-1-4 11:38
https://glycam.org/pb/builder/

这个好像得翻墙，我用过，构建之后提示结构不合理，无法形成md

春江花月夜 · 发表于 Post on 2026-6-8 20:07:58

请问你酸性多糖用charmm gui 建模成功了吗，能交流下经验吗

yuzc · 发表于 Post on 2026-7-6 16:30:39

ZLQ 发表于 2026-1-4 20:07
这个好像得翻墙，我用过，构建之后提示结构不合理，无法形成md

练一练。

别说离开我 · 发表于 Post on 2026-7-6 16:56:29

charmm gui有时候建模出来残基名字是四位，对接时导出来会截断名字，个人感觉局限性太大，就是看jamesl同学说的那个方式，主链上能自己向外搞延申吧，不过哲科文那个帖子有点老了，如果里面没提到还要自己再专研一下子

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[GROMACS] 如何构建多糖的结构文件