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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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发表于 Post on 2019-5-21 16:53:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-21 03:12
我已经更新了molclus官网上的1.8.2版,新增了ibkgbw选项,设为1就可以自动保留了

谢谢!

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发表于 Post on 2019-5-22 15:02:31 | 只看该作者 Only view this author
molclus读取settings.ini时是按行读取的?格式非常严格,格式有点乱就无法正常调用计算。
社长能不能把settings.ini设计成相对自由的格式,记molclus按参数名读取settings.ini的参数,参数可以在任意行,不需要的参数甚至可以删除。
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-23 00:38:45 | 只看该作者 Only view this author
hzamber 发表于 2019-5-22 15:02
molclus读取settings.ini时是按行读取的?格式非常严格,格式有点乱就无法正常调用计算。
社长能不能把set ...

就直接在自带的文件基础上改就行了,我不觉得容易改乱。Multiwfn的settings.ini也是类似的,没有给用户带来什么困难
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-6-10 20:46:32 | 只看该作者 Only view this author
ieneonly:0=对traj.xyz里每一帧进行优化;1=对每一帧只计算单点能;-1=对每一帧做热力学组合方法计算(仅对Gaussian有效)
Sobereva老师,您好。我想请问一下在使用molclus的时候设置文件这里能否设置计算各个结构的吉布斯自由能,我现在用的程序是xtb。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-11 09:54:57 | 只看该作者 Only view this author
lichengqiao 发表于 2019-6-10 20:46
ieneonly:0=对traj.xyz里每一帧进行优化;1=对每一帧只计算单点能;-1=对每一帧做热力学组合方法计算(仅 ...

目前不行。不久后发布的下个版本1.8.4我预计会实现这个
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发表于 Post on 2019-6-11 12:34:06 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师,我想请问一下,下一个版本大概什么时候发行呀,因为目前想用molclus+xtb做一些东西。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-11 12:48:10 | 只看该作者 Only view this author
lichengqiao 发表于 2019-6-11 12:34
好的,谢谢老师,我想请问一下,下一个版本大概什么时候发行呀,因为目前想用molclus+xtb做一些东西。

估计几天内
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发表于 Post on 2019-6-11 12:51:41 | 只看该作者 Only view this author
好的。谢谢Sobereva老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-12 20:41:15 | 只看该作者 Only view this author
lichengqiao 发表于 2019-6-11 12:34
好的,谢谢老师,我想请问一下,下一个版本大概什么时候发行呀,因为目前想用molclus+xtb做一些东西。

今日更新了molclus 1.8.4,ieneonly选项改名为了itask,此选项设为-2时如果调用的是xtb,将会做优化+振动分析任务(即-ohess),并且读取的是自由能而非电子能量
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发表于 Post on 2019-6-17 09:46:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-12 20:41
今日更新了molclus 1.8.4,ieneonly选项改名为了itask,此选项设为-2时如果调用的是xtb,将会做优化+振动 ...

好的 。谢谢sobereva老师。

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发表于 Post on 2019-6-27 17:59:44 | 只看该作者 Only view this author
除了团簇体系 比如配位体系等其他相互作用体系能用吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-1 11:00:35 | 只看该作者 Only view this author
三十不立 发表于 2019-6-27 17:59
除了团簇体系 比如配位体系等其他相互作用体系能用吗?

问题不够具体,没法简单回复。需要说明到底想算什么,构象搜索还是构型搜索之类的,是一个分子还是团簇等等
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-1 12:23:07 | 只看该作者 Only view this author
今日molclus 1.8.5版发布。molclus支持了对traj.xyz里完全自定义帧号范围进行计算,通过settings.ini里的ngeom设置,如设成2,5-8,12-14代表只处理第2,5,6,7,8,12,13,14帧
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发表于 Post on 2019-8-4 10:59:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 欢乐多 于 2019-8-4 12:02 编辑
sobereva 发表于 2019-7-1 12:23
今日molclus 1.8.5版发布。molclus支持了对traj.xyz里完全自定义帧号范围进行计算,通过settings.ini里的ng ...

老师,GROMACS下载好慢,下载几次总是失败
终日寻春不见春
芒鞋踏破岭头云
归来偶把梅花嗅
春在枝头已十分

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-5 01:53:24 | 只看该作者 Only view this author
molclus 1.8.6版已于2019-Jul-28发布。molclus支持了冻结原子,通过settings.ini里的freeze设置,如设成2,5-8,12-14代表在涉及优化的任务中将2,5,6,7,8,12,13,14号原子的XYZ笛卡尔坐标冻结。此选项对调用Gaussian、xtb、ORCA、MOPAC的情况皆生效。借助此选项可以实现诸如过渡态结构的构象搜索(即反应的区域冻结而只对其余部分进行构象搜索)。
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