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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-13 12:38:45 | 只看该作者 Only view this author
molclus 1.6已发布,详见http://bbs.keinsci.com/thread-12134-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-17 22:34:34 | 只看该作者 Only view this author
Molclus 1.7发布!改进在于新增加了xyz2QC工具,显著便于在超算等特殊环境上借助molclus实现构型/构象搜索。详见:
将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具:xyz2QC
http://bbs.keinsci.com/thread-12468-1-1.html

本文也进行了相应更新。
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发表于 Post on 2019-3-19 20:12:01 | 只看该作者 Only view this author
社长大大,4分子构象搜索中4.1节的分子动力学模拟是不是应该用Grimme大佬的CREST+XTB取代了呢,估计您也收到CREST的使用手册了吧,感觉很好啊,是不是应该让molclus能调用它们呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-19 20:17:55 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-3-19 20:12
社长大大,4分子构象搜索中4.1节的分子动力学模拟是不是应该用Grimme大佬的CREST+XTB取代了呢,估计您也收 ...

crest本身是个构象搜索的driver,但是效率并不如以恰当方式将gentor和molclus结合调用xtb,做MD需要多花费很多计算量
文中的动力学部分可以改用xtb跑,而不是crest+xtb。
终究xtb跑动力学耗时高于分子力场几个数量级,能跑的时间短,对大体系无法替代经典力场动力学程序

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发表于 Post on 2019-3-19 20:41:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-19 20:17
crest本身是个构象搜索的driver,但是效率并不如以恰当方式将gentor和molclus结合调用xtb,做MD需要多花 ...

是这样,我是想搜索一些类似含有环己烷这样具有船式或椅式构象的结构,我看论坛里讨论过,好像只能通过动力学的方法去做,而我又不会用XTB去做这个。对于单个分子的构象搜索我觉得适当花费点时间去得到一些我想要的稳定构像很有必要。奈何自己是小白,所以希望社长能开发一下这个方向或者写点教程

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-19 20:46:16 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-3-19 20:41
是这样,我是想搜索一些类似含有环己烷这样具有船式或椅式构象的结构,我看论坛里讨论过,好像只能通过动 ...

有空我写个molclus基于xtb做动力学产生的轨迹做构象搜索的帖子
比较麻烦的一点是xtb更新贼频繁,说不定什么时候一更新,帖子还得大改...之前我写的Gaussian+xtb联用的文章就吃了苦头,为了迎合最新xtb脚本改了N次
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发表于 Post on 2019-3-19 20:55:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-19 20:46
有空我写个molclus基于xtb做动力学产生的轨迹做构象搜索的帖子
比较麻烦的一点是xtb更新贼频繁,说不定 ...

嗯嗯,多谢社长。更新却不考虑传承性这个的确头疼,还是期待您的文章

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-20 19:34:51 | 只看该作者 Only view this author
molclus 1.8版发布!更新了genmer,使得molclus程序在原子团簇搜索方面价值有了重要提升,详见更新后的genmer介绍文章http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-30 00:50:19 | 只看该作者 Only view this author
添加了2.4节,专门介绍了molclus的几个使用技巧

今日发布了molclus 1.8.1。molclus的settings.ini里的ieneonly选项增加了-1,表示任务是调用Gaussian做热力学组合方法的计算。此时如果将template.gjf里的关键词设为比如G4,将energyterm=设为"G4 Free Energy=",则molclus提取的将是G4热力学组合方法算的高精度自由能。同时,此版本对settings.ini的格式做了轻微修改,并去掉了没用的isys选项。
此版本也更新了isostat,当归簇后簇的数目非常大(>500)时,会提示是否只保留用户指定数目的能量最低的簇,由此可避免屏幕上输出的簇的信息量过大、cluster.xyz文件过大。

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发表于 Post on 2019-4-1 20:24:06 | 只看该作者 Only view this author
社长,求助一下,“4.4 molclus+Gaussian做优化” 部分每帧对应的能量怎么用VMD显示啊?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-2 08:32:15 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-4-1 20:24
社长,求助一下,“4.4 molclus+Gaussian做优化” 部分每帧对应的能量怎么用VMD显示啊?

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发表于 Post on 2019-4-11 09:39:19 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,现在我在用molclus+xTB优化初始结构,但是由于体系大,构型多,想问您一下,可不可以通过降低xTB的收敛精度让优化速度更快呢?我看了xTB手册,貌似也没有提到这方面相关问题。谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-11 15:38:05 | 只看该作者 Only view this author
lichengqiao 发表于 2019-4-11 09:39
老师,您好,现在我在用molclus+xTB优化初始结构,但是由于体系大,构型多,想问您一下,可不可以通过降低x ...

印象中没有这个选项。
你可以先用分子力场做初步筛选
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发表于 Post on 2019-4-28 10:21:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师,我在试跑3.5 molclus+Gaussian做优化的例子。高斯是windows版C01,高斯的输出文件一直是图片上的结果D:\11.PNG。想请教老师问题出在哪里了

11.PNG (55.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 68)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-28 12:57:41 | 只看该作者 Only view this author
luxuanxiang 发表于 2019-4-28 10:21
sobereva老师,我在试跑3.5 molclus+Gaussian做优化的例子。高斯是windows版C01,高斯的输出文件一直是图片 ...

win32版没法指定那么大内存,仔细看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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