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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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发表于 Post on 2024-3-10 21:43:50 | 只看该作者 Only view this author
ligninpyrolysis 发表于 2024-3-10 14:17
sob老师好,我正在使用molclus调用MOPAC做几何优化,如图所示,运行了一段时间,一直没变化,isomers.xyz里 ...

检查当前正在跑的进程,有没有MOPAC
检查有没有产生其他输出文件
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-11 07:45:10 | 只看该作者 Only view this author
ligninpyrolysis 发表于 2024-3-10 21:17
sob老师好,我正在使用molclus调用MOPAC做几何优化,如图所示,运行了一段时间,一直没变化,isomers.xyz里 ...

看临时产生的MOPAC的输出文件内容判断。也说不定碰到难收敛导致一直算不完
一般更推荐让molclus调用xtb,不仅本身更快,并行效率也高得多,而且xtb支持的GFN2-xTB比MOPAC支持的半经验方法整体可靠性还更好。
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发表于 Post on 2024-3-11 08:59:04 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-10 21:43
检查当前正在跑的进程,有没有MOPAC
检查有没有产生其他输出文件

感谢

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发表于 Post on 2024-3-11 09:06:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ligninpyrolysis 于 2024-3-11 10:42 编辑
sobereva 发表于 2024-3-11 07:45
看临时产生的MOPAC的输出文件内容判断。也说不定碰到难收敛导致一直算不完
一般更推荐让molclus调用xtb ...

好的老师,我再试一下。


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发表于 Post on 2024-3-22 15:15:42 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我正在使用molclus调用ORCA做单点能的计算,从昨晚十点多到现在一直是这个状态,这是还在计算吗还是已经算完了?

12.png (272.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

12.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-22 16:52:55 | 只看该作者 Only view this author
ligninpyrolysis 发表于 2024-3-22 15:15
sob老师您好,我正在使用molclus调用ORCA做单点能的计算,从昨晚十点多到现在一直是这个状态,这是还在计算 ...

显然没算完
看任务管理器便知
算到什么程度了自行看orca.out文件内容
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发表于 Post on 2024-3-22 17:11:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-22 16:52
显然没算完
看任务管理器便知
算到什么程度了自行看orca.out文件内容

明白了,感谢sob老师的回答

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发表于 Post on 2024-4-1 20:42:55 | 只看该作者 Only view this author
正在学习这个方法。整个流程需要用的软件有点多,综合性有点强。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-3 02:21:01 | 只看该作者 Only view this author
陈明mchen 发表于 2024-4-1 20:42
正在学习这个方法。整个流程需要用的软件有点多,综合性有点强。

帖子里红字明确说了,大多数情况根本不需要用gromacs跑动力学,只要会用一种量化程序结合molclus就够了

http://www.keinsci.com/research/molclus.html里面也全面总结了molclus对于不同情况最适合的用法
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发表于 Post on 2024-4-9 21:32:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-3 02:21
帖子里红字明确说了,大多数情况根本不需要用gromacs跑动力学,只要会用一种量化程序结合molclus就够了
...

谢谢sob老师,按照教程学习MOPAC后,确实很方便

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发表于 Post on 2024-5-22 10:06:08 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我跟楼上的问题较为类似。我目前是利用genmer生成了10种沥青芳香分分子的构型,想要直接利用高斯进行结构优化运算。但是不知道是由于什么原因也是一直卡在第一个构型,打开任务管理器时也反应并没有进行任务。不知道是否是任务命令提交的不正确还是单纯的计算过慢?请问是否可以利用超算使用molclus进行计算?

202405221005564696..png (75.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

202405221005564696..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-23 04:27:24 | 只看该作者 Only view this author
YANGSHITONG 发表于 2024-5-22 10:06
老师您好,我跟楼上的问题较为类似。我目前是利用genmer生成了10种沥青芳香分分子的构型,想要直接利用高斯 ...

算的太慢
先让molclus调用MOPAC或xtb做预优化再说

>50原子体系的DFT优化,普通个人计算机而且还是windows版Gaussian肯定巨慢
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发表于 Post on 2024-5-25 16:00:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-23 04:27
算的太慢
先让molclus调用MOPAC或xtb做预优化再说

明白了,谢谢老师!

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发表于 Post on 2024-7-5 16:09:14 | 只看该作者 Only view this author
请问对酶催化体系的活性中心簇模型构象搜索与搭建适用吗?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-7 15:44:53 | 只看该作者 Only view this author
xiaoche 发表于 2024-7-5 16:09
请问对酶催化体系的活性中心簇模型构象搜索与搭建适用吗?

可以用
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