计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 150|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 算irc后两端都是产物是否意味着没有能垒

[复制链接 Copy URL]

22

帖子

0

威望

177

eV
积分
199

Level 3 能力者

求助,计算了乙二醇和氯自由基反应的过渡态,对过渡态进行irc发现两侧都是产物的形式,是否代表这个反应没有能垒呢

202601061039109648..png (66.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202601061039109648..png

202601061038505816..png (69.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202601061038505816..png

202601061038347201..png (69 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202601061038347201..png

step1 (6).zip

145.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

4279

帖子

4

威望

9473

eV
积分
13832

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

2#
发表于 Post on 2026-1-6 10:55:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2026-1-6 11:01 编辑

有一些建议:
(1)中性体系没必要使用弥散函数,用6-311+g(d,p)没必要,6-311G(d,p)足矣。
(2)对于TS结构,应当检验波函数稳定性,确保波函数稳定。如果不稳定,则频率计算没有意义,跑IRC也没有意义。
(3)IRC计算始终应当读取TS结构算好的轨道和力常数,否则变成从零开始计算,不仅浪费机时,还无法保证与TS结构收敛到同一个解。
(4)对于电子结构稍微复杂一点的体系,尤其是自由基反应和过渡金属反应,IRC(始终)应当两个方向分开跑,提交两个任务,而非偷懒杂糅在一个任务里,这种偷懒容易造成 后跑的那个方向的电子结构有误,从而造成后跑的那个方向有系统性的错误。

那么如何两个方向分开跑,并且读取轨道和力常数?举一个例子,假设我在UPBE0-D3(BJ)/6-311G(d,p)下找到了一个TS,检验过波函数稳定性,也做过freq计算(对应的chk文件称为test_freq.chk),我先复制两份chk文件,在Linux下就是运行
cp test_freq.chk test_freq_f.chk
cp test_freq.chk test_freq_r.chk

接着我写两个gjf文件,关键词示例如下
(i) forward方向
%chk=test_freq_f.chk
%mem=128GB
%nprocshared=64
#p irc(rcfc,forward,LQA,maxpoints=40) UPBE1PBE chkbasis em=gd3bj nosymm guess=read geom=allcheck

(ii) reverse方向
%chk=test_freq_r.chk
%mem=128GB
%nprocshared=64
#p irc(rcfc,reverse,LQA,maxpoints=40) UPBE1PBE chkbasis em=gd3bj nosymm guess=read geom=allcheck

底下只需要放2个空行,不需要写电荷、自旋多重度、坐标、基组、赝势,因为上述关键词会从chk文件里读取。至于是否写nosymm,应当与我之前TS计算有没写nosymm保持一致。这样做不仅输入文件简单、内容少,不易出错,而且可以从chk文件中读取大量已有信息,节约机时。更重要的是保证了与之前TS收敛到一样的SCF解,forward/reverse两个方向的计算也不会互相干扰。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +8 收起 理由
Reason
sgwzq + 3 精品内容
lll123 + 5 谢谢分享

查看全部评分 View all ratings

自动做多参考态计算的程序MOKIT

22

帖子

0

威望

177

eV
积分
199

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-6 22:47:46 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2026-1-6 10:55
有一些建议:
(1)中性体系没必要使用弥散函数,用6-311+g(d,p)没必要,6-311G(d,p)足矣。
(2)对于TS ...

谢谢老师的建议!我仔细学习一下!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 19:43 , Processed in 0.759621 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list