使用CHARMM-GUI和NAMD计算结合自由能求助

wbqdssl · 发表于 Post on 2026-1-10 12:03:50

各位老师好，我有几个蛋白-小分子配体的体系希望计算绝对结合自由能（ABFE）和相对结合自由能（RBFE），选择CHARMM-GUI网站直接构建输入文件。
但刚开始学习这种结合自由能计算，经验不足，在计算时遇到了一些问题。我在CHARMM-GUI论坛中、视频演示中没有找到解答，希望寻找有使用CHARMM-GUI搭配NAMD计算ABFE和RBFE经验的老师寻求帮助。为了便于说明情况，我将遇到的问题放在了PDF文档中，希望能得到老师们的解答。
问题更多的是流程上的问题，如果需要提供具体的文件，请回复我。同时愿意有偿求答疑或教学！

问题详情.pdf (636.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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[NAMD] 使用CHARMM-GUI和NAMD计算结合自由能求助

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