求助统计轨迹中特定氢键的平均键长问题

葱葱cong · 发表于 Post on 2026-1-13 21:20:49

本帖最后由葱葱cong 于 2026-1-13 21:38 编辑

各位老师好，模拟小白想请教一下，我的配体与某一个残基的主链在模拟中最多形成两根氢键，我想计算其中一根氢键的键长变化情况，gmx hbond貌似没办法统计特定残基的特定氢键，gmx distance只能统计距离（没办法判断是否符合氢键键长键角阈值），针对这种情况有什么手段？

student0618 · 发表于 Post on 2026-1-13 21:46:05

写tcl/python脚本统计。

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-14 05:36:24

写VMD tcl脚本是最简单的方法。如果非不写脚本，gmx distance和gmx angle分别得到距离和角度变化，自己筛出来满足氢键判据的帧，然后统计键长变化情况

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[GROMACS] 求助统计轨迹中特定氢键的平均键长问题

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