请教力场和原子冲突问题

YuniJ · 发表于 Post on 4 day ago

各位老师，我一直理解的是对于各个力场来说，用gromacs跑模拟时，如果原子有冲突是无法正常通过平衡阶段甚至是能量最小化阶段，但今天发现如图所示，一个蛋白质中的精氨酸结构有点问题，原子之间不正常成键并且原子有冲突，但是md可以正常进行，这是为什么呢？

student0618 · 发表于 Post on 3 day ago

如果拓朴成键关係正确是有可能在最小化时解决的，可以用vmd打开最小化后的gro看看。

YuniJ · 发表于 Post on 3 day ago

student0618 发表于 2026-1-20 01:16
如果拓朴成键关係正确是有可能在最小化时解决的，可以用vmd打开最小化后的gro看看。

谢谢老师，确实是在能量最小化时解决的

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[GROMACS] 请教力场和原子冲突问题