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大家好，
背景：
我的东西是一个多晶型，然后我准备以其中一个晶型为准做一个升温的动力学，看它会不会发生相变
因为我的结构是一类席夫碱，有卤素取代
所以选的GAFF力场
操作过程:
构建超晶胞2*2*2
mercury导出pdb文件
sobtop导出拓扑文件
能量最小化
常温npt
从常温到473.15K，50K一个温度间隔
做了一系列不同温度下的npt
最后收集数据
检查过程：
结构文件与拓扑文件相对应，拓扑文件里该有的都有
能量最小化之后结构还正常
现象与问题：
在第一次常温下npt之后，分子乱跑并且不正常扭曲
第一次升温到348.15K-npt,分子扭曲的更不正常
请问这种情况是因为什么呀？
我应该从哪些方面进行改正
感谢🙏🏻
以下是我操作过程中的文件和图片
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4CCO.pdb
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4CCO_box.pdb
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348.15.gro
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348.15.mdp
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em.gro
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em.log
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em.mdp
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npt.gro
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npt.mdp
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4CCO.itp
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4CCO.top
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npt.log
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分子照片.docx
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