GROMACS2025.3重复模拟发现部分系数存在偏差大的结果

CCLI · 发表于 Post on yesterday 16:57

本帖最后由 CCLI 于 2026-1-24 22:21 编辑

最近开始自学GROMACS，用54a7力场和spce简单模拟了纯水，发现体积热膨胀系数与实验偏差非常大(虽然这个水模型在这方面计算比较差，但偏差不应该这么大吧？)。一开始还以为是自己哪里写不对，于是重新模拟后发现与之前的数据都用很大偏差，有点怀疑是不是哪里输入搞错了，又发现不了，特来向各位大佬提问。文件里附带了我利用脚本计算5次结果。
通过网盘分享的文件：test-spce.rar
链接: https://pan.baidu.com/s/1SGLSl9i6Kmt2unzUdYFSgw?pwd=h9sn 提取码: h9sn
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CCLI · 发表于 Post on yesterday 17:02

通过网盘分享的文件：test-spce.rar
链接: https://pan.baidu.com/s/1SGLSl9i6Kmt2unzUdYFSgw?pwd=h9sn 提取码: h9sn
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sobereva · 发表于 Post on yesterday 21:54

CCLI 发表于 2026-1-24 17:02
通过网盘分享的文件：test-spce.rar
链接: https://pan.baidu.com/s/1SGLSl9i6Kmt2unzUdYFSgw?pwd=h9sn 提 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

sobereva · 发表于 Post on yesterday 21:55

所有三点水模型算的热膨胀系数误差都很大，哪怕是三点水模型中最佳的OPC3。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）全面详细讲水模型的这页幻灯片：

要想算准热膨胀系数需要用更好的水模型，比如四点水模型里几乎最好的OPC。

CCLI · 发表于 Post on yesterday 22:18

sobereva 发表于 2026-1-24 21:54
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎， ...

好的，社长我会注意的

CCLI · 发表于 Post on yesterday 22:22

sobereva 发表于 2026-1-24 21:55
所有三点水模型算的热膨胀系数误差都很大，哪怕是三点水模型中最佳的OPC3。参考北京科音分子动力学与GROMAC ...

感谢社长的提醒

CCLI · 发表于 Post on yesterday 22:51

sobereva 发表于 2026-1-24 21:55
所有三点水模型算的热膨胀系数误差都很大，哪怕是三点水模型中最佳的OPC3。参考北京科音分子动力学与GROMAC ...

粗粗算了一下spce模型的误差，实验2.56E-4K-1，相对误差算作100%，也就大概到5E-4K-1.与我的模拟结果相比，这真的合理吗？数据如下：
Coefficient of Thermal Expansion Alpha_P = 0.000981424 (1/K)

Coefficient of Thermal Expansion Alpha_P = 0.000930661 (1/K)

Coefficient of Thermal Expansion Alpha_P = 0.000905476 (1/K)

Coefficient of Thermal Expansion Alpha_P = 0.000836432 (1/K)

Coefficient of Thermal Expansion Alpha_P = 0.000730872 (1/K)

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