求助：genmer+molclus的方式做团簇构型

yangna11 · 发表于 Post on 2026-2-2 13:55:22

各位老师好，我用genmer进行不同化合物A和化合物B组成的复合物团簇构型的搜索，化合物A和化合物B的分子结构如下所示，两个分子加起来的原子数量70-100不等。问题1：针对这一情况，genmer产生多少团簇构型合适。如果只生成50个团簇构型是否不够。问题2：在用genmer生成团簇构型中，化合物A和化合物B的.xyz是使用Gaussian优化好的结构还是不需要优化好的结构，只要是这两个化合物的结构就可以。我最终的目的是计算化合物A和化合物B的结合自由能。希望各位老师不吝赐教。

化合物A

化合物B

Hugo_314cat · 发表于 Post on 2026-2-2 14:03:06

问题1：个人经验，像这种复合物最最少也要5000个初始结构，10000结构以上则更为稳妥。应对这种体系可能还需要一些特殊的trick，否则结果可能会变得很难看。
问题2：这种情况下完全没必要用DFT优化，毕竟你不能保证复合物的最稳定构象和单体的最稳定构象是相同的。可以用半经验各挑Top10作为初始结构。

Diotima · 发表于 Post on 2026-2-2 14:08:36

个人认为优化对构型搜索的帮助微乎其微。毕竟优化是目前初始构型下的局部稳定点，而构型搜索是为了找全局稳定点。50个我个人猜想其实差不多够用了，但是你可以参考一下卢老师那个confab-xtb-Gaussian的帖子，我觉得实际操作中xtb算的挺快的，没必要这一步省算力。

yangna11 · 发表于 Post on 2026-2-2 14:31:09

Diotima 发表于 2026-2-2 14:08
个人认为优化对构型搜索的帮助微乎其微。毕竟优化是目前初始构型下的局部稳定点，而构型搜索是为了找全局稳 ...

谢谢老师的意见，我学习一下xtb，因为我之前是用MOPAC进行优化的初始构型，对于我这种70-100个原子的体系，50个也要算半天，所以就是担心50个不够，要是需要产生1000个的话，又担心算力不够。

yangna11 · 发表于 Post on 2026-2-2 14:33:03

Hugo_314cat 发表于 2026-2-2 14:03
问题1：个人经验，像这种复合物最最少也要5000个初始结构，10000结构以上则更为稳妥。应对这种体系可能还需 ...

谢谢老师的意见，我想问下如果产生1000个初始构型的话，MOPAC对这1000个初始构型都要进行初始优化吗。那对算力的要求是否很大。

Diotima · 发表于 Post on 2026-2-2 14:37:24

yangna11 发表于 2026-2-2 14:31
谢谢老师的意见，我学习一下xtb，因为我之前是用MOPAC进行优化的初始构型，对于我这种70-100个原子的体系 ...

xtb是半经验方法。我和楼上另一个老师意见一致，xtb对比一下后，选top几个，再优化就行。甚至我会看看玻尔兹曼分布然后根据那个选留存多少个结构。

yangna11 · 发表于 Post on 2026-2-2 14:46:57

Diotima 发表于 2026-2-2 14:37
xtb是半经验方法。我和楼上另一个老师意见一致，xtb对比一下后，选top几个，再优化就行。甚至我会看看玻 ...

好的，谢谢老师

yangna11 · 发表于 Post on 2026-2-2 16:52:22

yangna11 发表于 2026-2-2 14:46
好的，谢谢老师

yangna11 · 发表于 Post on 2026-2-2 16:53:28

Diotima 发表于 2026-2-2 14:37
xtb是半经验方法。我和楼上另一个老师意见一致，xtb对比一下后，选top几个，再优化就行。甚至我会看看玻 ...

再次请教一下老师，请问您一般选择玻尔兹曼分布在百分之多少以上的结构进行下一步的优化呢。

yangna11 · 发表于 Post on 2026-2-2 17:28:30

Hugo_314cat 发表于 2026-2-2 14:03
问题1：个人经验，像这种复合物最最少也要5000个初始结构，10000结构以上则更为稳妥。应对这种体系可能还需 ...

请问老师，计算结合自由能，除了复合物（AB）的结构需要做构型搜索再优化，计算自由能，那么两个单体A/B也需要进行构象搜索再优化吗，最后计算自由能。

Hugo_314cat · 发表于 Post on 2026-2-2 21:13:50

yangna11 发表于 2026-2-2 17:28
请问老师，计算结合自由能，除了复合物（AB）的结构需要做构型搜索再优化，计算自由能，那么两个单体A/B ...

对你问的两次问题作回复：
前一次问题：半经验下1000个结构优化是很便宜的。
这个问题：需要。

Diotima · 发表于 Post on 2026-2-2 23:09:10

yangna11 发表于 2026-2-2 16:53
再次请教一下老师，请问您一般选择玻尔兹曼分布在百分之多少以上的结构进行下一步的优化呢。

算一下就知道了，有些构象的分布都到小数点后三位了我肯定就丢了。有的构象一看就比其他的出现概率高一大截。留下那些就行。

yangna11 · 发表于 Post on 2026-2-3 09:17:05

Hugo_314cat 发表于 2026-2-2 21:13
对你问的两次问题作回复：
前一次问题：半经验下1000个结构优化是很便宜的。
这个问题：需要。

好的，谢谢。

yangna11 · 发表于 Post on 2026-2-3 09:17:19

Diotima 发表于 2026-2-2 23:09
算一下就知道了，有些构象的分布都到小数点后三位了我肯定就丢了。有的构象一看就比其他的出现概率高一大 ...

好的好的，谢谢了

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