用vina进行分子对接，结果中的配体结构变了，这是为什么呢

wqm · 发表于 Post on 2026-2-3 19:58:01

各位老师好，我在用vina进行分子对接后，用pymol打开输出文件，发现结构对比我的分子发生了一些变化，这应该怎么处理呢

，图片看可能不太直观，下面是文件

caowujiasu_1_out.pdbqt (76.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

caowujiasu_1.mol2 (5.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) ，恳请各位老师赐教，十分感谢

student0618 · 发表于 Post on 2026-2-3 22:14:31

如果是N变C这种，先检查转换格式前后是否有原子类型/原子名指认错了。
(抱歉手机看不到附件)

wqm · 发表于 Post on 2026-2-4 09:04:06

student0618 发表于 2026-2-3 22:14
如果是N变C这种，先检查转换格式前后是否有原子类型/原子名指认错了。
(抱歉手机看不到附件)

谢谢答复，但不是原子出错，是键的连接出错，有时还会将苯环变成六元环，

student0618 · 发表于 Post on 2026-2-4 09:24:50

wqm 发表于 2026-2-4 09:04
谢谢答复，但不是原子出错，是键的连接出错，有时还会将苯环变成六元环，

通常是可视化自动按距离判断成键的事，检查文件中实际成键正确就可以了。

wqm · 发表于 Post on 2026-2-4 09:51:37

student0618 发表于 2026-2-4 09:24
通常是可视化自动按距离判断成键的事，检查文件中实际成键正确就可以了。

好的特别感谢

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[分子对接] 用vina进行分子对接，结果中的配体结构变了，这是为什么呢