请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 552|回复: 2

[Multiwfn资源与经验] ESP伴侣——调用Multiwfn绘制分子表面静电势分布的小脚本ESP-mate

[复制链接]

8

帖子

0

威望

212

eV
积分
220

Level 3 能力者

发表于 2017-5-10 22:22:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 一声叹息010 于 2017-5-10 23:04 编辑

阅读本文前建议先看看《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》(http://sobereva.com/196
编写这个小脚本的主要目的是尽量简化软件操作,快速得到想要的图和表。

优点:
1、批量处理,无需人工守护
2、所有信息,都保存到了同名的txt文件里。
3、根据体系分子表面静电势范围,统计范围已自动稍微扩大并取整数(5的倍数)
4、生成了同名的gjf文件,方便查看极值点
5、vmd文件中,除了Color Scale Bar,都设置好了。原子采用了gview的配色方案,最多可以同时显示30种元素的颜色
缺点:
1、只用Multiwfn计算分子表面每个点的静电势,速度上不如联用cubegen。以后可能会加上
ESP-mate使用方法:
1、确保Multiwfn程序可以正常使用,准备好相应文件,如ESP1.fchk ESP2.wfn ESP3.molden ...
2、
chmod a+x ESP-mate
./ESP-mate "ESP1.fchk ESP2.wfn"
双引号内,建议采用正则表达式,省事又不会输错文件名,如 ./ESP-mate " *.fchk  ESP?.wfn *.molden"
3、生成的文件一定要放到到D:\ESP-mate
4、启动VMD,选File-Load Visualization State-D:\ESP-mate\*-ESP-load.vmd,图就显示来了。
添加上Color Scale Bar即可。方法和sobereva博文稍有不同,以本文为准
color-scale-bar.png
此时Color Scale Bar是打开的,Color bar width设为0.08,Display title选on并且将Color bar title里写上ESP (kcal/mol),开启Autoscale,并选择vtx.pdb文件,Number of axis labels随便输入(可以是分数), Color labels选Black,Label format选Decimal。然后点Draw Color Scale Bar按钮,色彩刻度就出现在画面中了,并且VMD Main窗口中多出了一个名为Color Scale Bar的一项。然后调整它的大小和位置,即双击VMD Main窗口中Color Scale Bar那一项当中的F标签使之变为红色(即不让色彩刻度轴在画面中的位置冻结),而双击其它项目的F标签使它们的F变为黑色(让它们的位置冻结住)。然后激活VMD图形窗口,按t键进入平移模式,然后拖动鼠标将色彩刻度轴放置到合适位置,并且用鼠标滚轮调整它的大小。调合适之后再按r键恢复旋转视角模式,并且在VMD Main里将Color Scale Bar那一项的F重新双击成黑色,而其它三项的F重新双击为红色。
5、将分子调整到一个合适的角度,然后在VMD main窗口里把所有条目的F标签都双击成黑色来将它们固定住,以免随后的操作过程中不慎旋转了体系。
在VMD main窗口里面双击ESP-surfanalysis.pdb、ESP-vtx.pdb和Color Scale Bar对应的条目的D标签使其变红,此时窗口内就只有分子结构显示了出来。然后在File Render Controls面板里(此时也是打开的),点击Browse,选择C盘以外的路径,输入名称.bmp,保存(假设名称为ESP0.bmp) ,点击Start Rendering
再在VMD main窗口里面双击ESP-surfanalysis.pdb,使其条目的D标签使其变黑,让极值点显示出来,将背景不用改为蓝色,白色就可以。在File Render Controls面板里(此时也是打开的),点击Browse,选择C盘以外的路径,输入名称.bmp,保存(假设名称为ESP01.bmp),点击Start Rendering
再在VMD main窗口里面双击ESP.pdb,使其条目的D标签使其变红,隐藏分子结构
再在VMD main窗口里面双击ESP-vtx.pdb和Color Scale Bar,使其条目的D标签使其变黑,让表面和刻度显示,将背景不用改为蓝色,白色就可以。在File Render Controls面板里(此时也是打开的),点击Browse,选择C盘以外的路径,输入名称.bmp,保存(假设名称为ESP123.bmp),点击Start Rendering
6、ps
文件-打开-ESP123.bmp
文件-置入-ESP01.bmp,回车;图层-栅格化-图层;选择魔棒工具,Tolerance设0,Contiguous的对勾取消,然后点击图中白色区域,按delete键,之后将图层的不透明度(Opacity)改为40%
文件-置入-ESP0.bmp,回车;图层-栅格化-图层;选择魔棒工具,Tolerance设0,Contiguous的对勾取消,然后点击图中白色区域,按delete键,之后将图层的不透明度(Opacity)改为10%
选择-取消选择
这样,正面的极值点就会有明显的半嵌入到表面的效果,分子骨架又可以完全的遮挡住后面的极值点。景深效果很明显
7、最后,在图上用文本工具标上一部分极值点的静电势数值,极值点位置和数值可以参照ESP.gjf
gjf.png

ESP.png



ESP-mate

842.18 KB, 下载次数: 43

评分

参与人数 9eV +45 收起 理由
ABetaCarw + 5 好物!
jamesboi + 5 好物!
ggdh + 5 GJ!
ChrisZheng + 5 牛!
zsu007 + 5 好物!
castiel + 5 赞!
978142355 + 5 赞!
rtransformation + 5 赞!
冰释之川 + 5 好物!

查看全部评分

295

帖子

6

威望

892

eV
积分
1307

Level 4 (黑子)

发表于 2017-5-11 12:46:05 | 显示全部楼层
我去,遇到偷懒界的同道中人了。大赞。

228

帖子

0

威望

812

eV
积分
1040

Level 4 (黑子)

发表于 2017-5-13 12:49:01 | 显示全部楼层
那个……双引号内是glob通配符吧?regex比较复杂了,不完全兼容的。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

Archiver|手机版|小黑屋|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2017-7-25 18:43 , Processed in 0.167447 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表