在GAUSSIAN用簇模型研究酶催化反应寻找过渡态时遇到l103报错

liyu0722 · 发表于 Post on 2026-2-7 22:52:01

本帖最后由 liyu0722 于 2026-2-8 14:04 编辑

之前卢老师在帖子中说到过可以使用簇模型来研究蛋白体系，所以我选取了距离底物5埃范围内的氨基酸，在原子坐标后面用-1固定截断处阿尔法碳原子，用B F命令固定过渡态中成键的两个原子，截图给出了整个体系的模型图，图二图三是输入文件的截图，图四是输出文件报错截图，想知道哪里出现了问题

wal · 发表于 Post on 2026-2-7 23:13:55

问报错起码把报错位置截图上来，要么直接上传输出，别让大家猜报的啥错

另外48核给10个G是不是太抠了

liyu0722 · 发表于 Post on 2026-2-8 14:06:50

wal 发表于 2026-2-7 23:13
问报错起码把报错位置截图上来，要么直接上传输出，别让大家猜报的啥错

另外48核给10个G是不是太抠了

谢谢大佬报错截图已经附上能帮忙看看吗是因为初始结构不太行吗

wal · 发表于 Post on 2026-2-8 14:33:31

liyu0722 发表于 2026-2-8 14:06
谢谢大佬报错截图已经附上能帮忙看看吗是因为初始结构不太行吗

如果是一开始就报这个错，你得调一下初始结构。如果优化过一段时间了，你可以保存末帧结构重新交，高斯初始化的时候有算法避免这个问题

xiaoche · 发表于 Post on 2026-3-9 16:00:09

过渡态成键两个原子在opt时为什么要固定呢？

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[Gaussian/gview] 在GAUSSIAN用簇模型研究酶催化反应寻找过渡态时遇到l103报错

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