求助各位大佬构建复合物RMSD的代码是什么啊，为啥我的老是有问题

书梓扬

求助各位大佬构建复合物RMSD的代码是什么啊，为啥我的老是有问题，但是蛋白和配体没事

书梓扬

创建了一个蛋白和小分子的索引组，然后计算复合物的RMSD，结果复合物的RMSD图变形了，我的蛋白只有一个链

student0618

1. 有回帖前要补充先用编辑帖子， 见置顶帖
2. trjconv 先用pbc cluster处理轨迹

书梓扬

student0618 发表于 2026-2-8 20:01
1. 有回帖前要补充先用编辑帖子， 见置顶帖
2. trjconv 先用pbc cluster处理轨迹

老师有具体代码吗，我是一个计算机小白

wbqdssl

书梓扬 发表于 2026-2-8 20:26
老师有具体代码吗，我是一个计算机小白

去论坛里或google自己搜一下就行了，再不行就去GMX的用户手册里搜
（Tip:不要用等着别人喂饭的心态做计算，别人已经告诉你解决方向了，你需要自己解决问题，计算机小白不是挡箭牌，不自己去学去搜索永远都是小白）

书梓扬

wbqdssl 发表于 2026-2-8 21:04
去论坛里或google自己搜一下就行了，再不行就去GMX的用户手册里搜
（Tip:不要用等着别人喂饭的心态做计 ...

gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster     -1（protein）-0(system)
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_nopbc.xtc -pbc mol -center    -1（protein）-0(system)
gmx trjconv -s md.tpr -f md_nopbc.xtc -o md_fit.xtc -fit rot+trans  -4（backbond）-0(system)
gmx rms -s md.tpr -f md_fit.xtc -n index_complex.ndx -tu ns -o rmsd_complex_final.xvg
dit xvg_show -f rmsd_complex_final.xvg
我搞成了谢谢大家，这是所有我用到的代码，给后人参考

dodobird1

推荐写个python pipeline方便管理