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[GROMACS] 请教Pd催化体系一加控压就崩溃什么原因?

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本帖最后由 yaoyuan0711 于 2026-2-11 16:15 编辑

各位老师好,我在模拟Pd金属(4层)、CH2Cl2、CH2N2、烯烃体系的时候,用NPT就崩溃报错,NVT则能正常模拟

Pd用L-J势(J. Phys. Chem. C 2008, 112, 17281),其余用GROMOS54a7力场。xy和z方向分别控压也不行,NVT的mdp文件见附件,控压部分注释掉了


另外模拟前是六方晶胞,模拟后自动转化为四方晶系了,这个影响结果吗,怎么更改为四方晶胞

1.png (768.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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eq-npt-heat.mdp

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
烯烃用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件。如果之后还有问题,照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查,并且注意下文说的一些细节问题
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html

trjconv结合-ur tric -pbc mol转换轨迹。
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
从Pd晶体切出表面建模的时候就能做晶格矢量变换了。
http://bbs.keinsci.com/thread-54125-1-1.html

重氮甲烷CH2N2的成键方式不算简单,这是怎么能用GROMOS54a7力场描述的?如果是要模拟金属钯催化CH2N2对烯烃的cyclopropanation之类有机化学反应,GROMACS的经典分子力场模拟应该没法描述成键断键吧。
√546=23.36664289109

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