[GROMACS] 固液固模型建模，可以将gro文件里的坐标复制吗

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发表于 Post on yesterday 12:18 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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老师，您好，我现在想做固液固的分子动力学模拟，用建立好的固液固模型产生top文件和gro文件，所有的分子都是一个MOL里面不好管理，我的方法是分别产生第一个固定表面模型的gro，top和itp文件，然后用solvate命令插入的离子和水，最后上层的石墨模型是单独产生的gro文件，然后吧坐标复制进去，就出现了变形，盒子的大小都是一样的，我也把前面的分子编号修改了，原子序号也修改了。如果固体-固体模型，中间有真空再往里面插入的话，由于石墨层的空隙过大，就会有水和离子插入到石墨层间，不知道有没有别的方法建立这种模型的gro和拓扑文件呢

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