计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 34|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 我加入Na离子作为抗衡离子发现药剂和它作用相当强(严重影响药剂在矿物表面吸附研究)

[复制链接 Copy URL]

21

帖子

0

威望

371

eV
积分
392

Level 3 能力者

老师们好 我想做一个药剂在矿物表面的吸附模拟,药剂全是阴离子形式存在的,我加入Na+离子作为抗衡离子 发现药剂和抗衡离子作用力很强导致药剂不会去吸附矿物或者说吸附表现很弱 就算设置的很远给他加以限制也会对药剂有很强烈的吸引 这该怎么办呢 我需要把Na+的itp参数改一下让它只作为使体系电荷平衡的存在吗(把sigma或者epsilon进行更改)这样会有效果吗

202602251839461716..png (264.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

体系图片

体系图片

88

帖子

0

威望

2004

eV
积分
2092

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on yesterday 23:18 | 只看该作者 Only view this author
不建议这么做,随意根据需要设置LJ参数一方面可能导致模拟出现不合理的现象甚至报错,另一方面说不好听点这也算是编造数据了。首先你要明确下所使用的力场参数能否描述你的体系,如果这已经是你能找到的最合适的参数(比如有专门文献报道描述钠离子水溶液、纯药剂和矿物作用等效果不错),那可能是因为把这些参数组合在一起时缺少专门的优化了,个人的一点经验,对于离子体系,可以考虑电荷缩放,虽然这样子也有人为性,但的确有不少文献提到电荷缩放的方法来描述离子在溶液中的极化,你可以考虑下,论坛里也有相关讨论。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 00:12 , Processed in 0.431060 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list