求助：关于蛋白质Tunnel隧道聚类问题研究的意义。

TowlGol

各位佬，大家好。

我想请教一下，我当前研究的内容各位专家大佬怎么看？意义如何？（PS：计算机方向的研究生，我觉得在计算方向是有意义的，但是我比较困惑各位在蛋白质领域这个问题的研究意义是如何的）


我发现当前研究者想要计算并分类长时间蛋白质MD数据的隧道时通常存在以下两个问题：

1. 蛋白质结构需要对齐。
    如果蛋白质结构难以对齐或对齐方式错误，会导致同一个隧道被分为两个不同的隧道。又或者是不同的隧道会被认为是一个隧道。这对于隧道研究来说无疑是灾难的。

2. 计算成本大。
    如果研究者想要获得”中意“的隧道结果，参数的调整是必不可少的。然而对于现有的工具（例如Caver 3.0）计算效率来说，如果数据量过大则会导致灾难性的时间复杂度。

为解决这个问题，我现在设计了一种利用可视化交互来对隧道进行分类的方法，具体的系统图如下图所示。


首先，所有的路径通过与蛋白质的相对位置进行定位映射，其次可以通过鼠标手动对隧道进行分类。分类的结果最终可以导入到Pymol当中或者我后续在添加一些图标支持相关路径的分析。

北大-陶豫

先仔细看置顶帖，改好标题，我们再回答
！！！！！计算化学公社新社员必读！！！！！
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)

帖子标题里不许随便用叹号（诸如写什么“求助！！...”），显得极富攻击性、哗众取宠或者特别浮躁。只有真值得用叹号的时候才能至多写一个叹号。

TowlGol

北大-陶豫 发表于 2026-2-27 21:39
先仔细看置顶帖，改好标题，我们再回答
！！！！！计算化学公社新社员必读！！！！！
http://bbs.keinsci ...

实在抱歉，已修改。