计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 20|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[建模与可视化] 求助ABCluster和Crest杂化溶剂簇的构象搜索报错

[复制链接 Copy URL]

40

帖子

0

威望

253

eV
积分
293

Level 3 能力者

本帖最后由 Kevin_Chen 于 2026-3-1 16:41 编辑

我想研究醇盐溶于醇时形成的溶剂化簇结构,故需要对溶剂化簇进行构象搜索,开始使用了sob老师开发的genmer+molclus工作流,但是优化出的最优能量结构往往出现锂离子被烷基包裹的不合理结构,这可能是genmer生成簇初猜时纯随机的结构采样到合理氢键网络结构的几率很小,然后我选用ABCluster进行簇的构建,希望通过其人工蜂窝算法更充分的采样,但是使用内部$xtb$时报错Value:4且无法使用ALPB,故使用外部脚本(xtbrun.sh)根据手册上的两个参数第一个是$inp$第二个是$out$,然后报错显示找不到$out$,但是我通过在xtbrun.sh中加了调用时echo $out的值并在运行完成后调用ls命令,发现确实产生了要求的输出文件,不知道为什么ABCluster一直报错找不到$out$文件。

第二个问题是想求助一下Crest的溶剂簇构象搜索报错如下图,其中MeOH.xyz和MeOLi.xyz与ABCluster所用的一致:

ABCluster_inp_out.zip

3.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

crest.out

5.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-3-1 20:30 , Processed in 0.189979 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list