求助ABCluster和Crest杂化溶剂簇的构象搜索报错

Kevin_Chen · 发表于 Post on 2026-3-1 16:35:27

本帖最后由 Kevin_Chen 于 2026-3-1 16:41 编辑

我想研究醇盐溶于醇时形成的溶剂化簇结构，故需要对溶剂化簇进行构象搜索，开始使用了sob老师开发的genmer+molclus工作流，但是优化出的最优能量结构往往出现锂离子被烷基包裹的不合理结构，这可能是genmer生成簇初猜时纯随机的结构采样到合理氢键网络结构的几率很小，然后我选用ABCluster进行簇的构建，希望通过其人工蜂窝算法更充分的采样，但是使用内部$xtb$时报错Value:4且无法使用ALPB，故使用外部脚本（xtbrun.sh）根据手册上的两个参数第一个是$inp$第二个是$out$，然后报错显示找不到$out$，但是我通过在xtbrun.sh中加了调用时echo $out的值并在运行完成后调用ls命令，发现确实产生了要求的输出文件，不知道为什么ABCluster一直报错找不到$out$文件。

第二个问题是想求助一下Crest的溶剂簇构象搜索报错如下图，其中MeOH.xyz和MeOLi.xyz与ABCluster所用的一致：

sobereva · 发表于 Post on 2026-3-1 21:01:09

用动力学的方式（如xtb在GFN2-xTB下跑）产生traj.xyz并结合molclus做构型搜索就完了，这是对当前体系我最推荐的方式，参考下文。动力学过程中自然会自发调整离子与溶剂的结合方式
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

Kevin_Chen · 发表于 Post on 2026-3-1 23:16:14

sobereva 发表于 2026-3-1 21:01
用动力学的方式（如xtb在GFN2-xTB下跑）产生traj.xyz并结合molclus做构型搜索就完了，这是对当前体系我最推 ...

万分感谢sob老师的指点

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[建模与可视化] 求助ABCluster和Crest杂化溶剂簇的构象搜索报错

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