求助：gromacs中FEP自由能扰动法计算溶剂化自由能如何调整λ使得出结果标准误差减小

sxmn

10个受体Y6，2000个溶剂分子。先能量最小化，按照dy-npt.mdp先平衡30n是，再按照 λ=0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50 0.55 0.60 0.65 0.70 0.75 0.80 0.85 0.90 0.95 1.00平衡2ns，命令行gmx bar -f md-*.xvg -b 1900 -o bar_results.xvg -oi bar_int.xvg -oh bar_hist.xvg输出结果
Detailed results in kT (see help for explanation):

lam_A  lam_B      DG   +/-     s_A   +/-     s_B   +/-   stdev   +/-
     0      1 -272.07  0.61   11.34  0.28  187.41  1.48   25.09  1.16
     1      2 -440.54  1.18   17.80  0.81  690.85  1.70   50.02  1.94
     2      3 -906.71  1.54  -53.48  0.97 -290.93  1.36 156014528.45 7647697.46
     3      4 -495.94  0.49   12.73  0.54  296.24  1.27   27.17  1.73
     4      5 -496.72  1.13   11.11  1.36   11.25  0.87    7.97  1.68
     5      6 -108.31  1.06   19.04  1.98   53.83  1.43   50.51  1.67
     6      7  236.13  0.32  140.20  1.35  137.24  0.57 466964257839805244251308032.00 1516076403662126709601206272.00
     7      8  514.94  2.52  -31.62  2.15 -200.73  2.95   60.70  1.48
     8      9 1181.31  1.95  354.26  3.35  342.78  2.80 5716792558421376573856712818153600887592179769037529302712495112192.00 52788563421184399531582118199565905663974988866142271021076473136021504.00
     9     10  812.91  2.70  758.08  5.30  725.72  2.87 39639538688520239283873617945214995102474991474502967683328327205282704281504393837519704494845341457868712931203065999390428826582414108930396464873472.00  -nan
    10     11  116.92  2.00  133.31  6.05  113.97  3.61 149814116281954959360.00 50891591938264730173440.00
    11     12   35.67  1.86   70.85  1.92   58.52  1.83 38897252.10 2306728074.01
    12     13   13.81  1.27   46.30  2.90   50.55  1.80 2512.41 434456.38
    13     14    0.89  1.74   33.08  0.99   45.81  2.25   79.36  1.93
    14     15  -11.24  2.20   31.11  1.53   38.14  1.96   65.42  2.25
    15     16  -16.71  1.46   27.86  1.17   34.99  1.43   40.51  2.51
    16     17  -20.54  0.99   29.96  1.73   31.72  1.13   64.05  3.09
    17     18  -14.89  1.45   29.77  1.54   34.46  2.04   54.57  4.09
    18     19   -7.52  2.44   41.95  1.64   39.41  2.44   80.52  3.60
    19     20   18.31  2.69   79.33  3.74   68.48  2.77  981.21 86.30

WARNING: Some of these results violate the Second Law of Thermodynamics:
         This is can be the result of severe undersampling, or (more likely)
         there is something wrong with the simulations.


Final results in kJ/mol:

point      0 -      1,   DG -678.64 +/-  1.52
point      1 -      2,   DG -1098.84 +/-  2.94
point      2 -      3,   DG -2261.65 +/-  3.83
point      3 -      4,   DG -1237.03 +/-  1.22
point      4 -      5,   DG -1238.99 +/-  2.83
point      5 -      6,   DG -270.17 +/-  2.64
point      6 -      7,   DG 589.00 +/-  0.79
point      7 -      8,   DG 1284.44 +/-  6.27
point      8 -      9,   DG 2946.58 +/-  4.86
point      9 -     10,   DG 2027.67 +/-  6.72
point     10 -     11,   DG 291.65 +/-  4.99
point     11 -     12,   DG 88.97 +/-  4.65
point     12 -     13,   DG 34.45 +/-  3.17
point     13 -     14,   DG  2.21 +/-  4.35
point     14 -     15,   DG -28.03 +/-  5.48
point     15 -     16,   DG -41.69 +/-  3.63
point     16 -     17,   DG -51.22 +/-  2.47
point     17 -     18,   DG -37.14 +/-  3.61
point     18 -     19,   DG -18.76 +/-  6.09
point     19 -     20,   DG 45.67 +/-  6.72

total      0 -     20,   DG 348.47 +/- 23.20

正常吗，如何修改使得结果稳定

Huschein

1. 增加窗口 2. 增加模拟时间 3. 调整lambda系数 直接找一些基于gmx的文献看他的系数 一般都不是这种固定间隔的 4. vdw和ele分开取消 先取消ele 最后其实只要重叠矩阵质量可以 标准差没有关系