请教水/真空环境下氨的存在形态以及放置个数该如何考虑

王涛

我想做的是计算蛋白与氨的结合能，辅助验证真实实验中以该蛋白制成的氨气浓度检测传感器的性能。
在进行分子动力学模拟以及后续利用ORCA等软件对结果进一步计算的过程中，我有三个问题想请教一下：
1.在进行模拟时，应该选择水环境还是真空环境呢 ？
2.在模拟时，氨的存在形式应该是氨还是铵根呢？
3.在模拟计算时，氨/铵应该只有一个，还是要像水环境放无限多个水一样放无限多个呢？
感谢各位的回答。

18217265596

1，传感器的蛋白是水溶液就水 是冻干就真空
2，同上
3，参考真实比例