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本帖最后由 HarrisLin 于 2017-9-5 13:45 编辑

2017.09.05. 更新v6
1. 修正部分文字/標點錯誤
2. 重新整合命名規則 使其更容易複製貼上就能使用
3. 附上重新整合後的.mdp檔案
4. 新增RMSF分析教學

2017.05.19. 更新v2
1. 修正部分文字/標點錯誤
2. 調整部分檔案命名方式使其前後關係更容易辨識
3. 不同步驟時的.mdp檔名修正(sol/min/nvt/npt/md)並微調內部設定
4. 提供此處與google雲端硬碟下載上述.mdp和acpype.py壓縮檔
5. 新增簡易結果RMSD分析與MD最終結構轉PDB步驟
6. 增添一些網路教學資源連結

謝謝Sob老師和各位的指點
終於把Gromacs的安裝和蛋白配體複合體MD基礎都學會了
雖然接下來還要研究怎麼分析結果(躺
我是實驗室第一個轉行用Gromacs的人(過往都用DS)所以寫了份教學就順便上來分享給需要的人
因為是邊操作邊寫的簡易教學 中間不少嘗試錯誤和改來改去 如果產生筆誤歡迎指正 我會盡快修改
另外就是渣英文傷眼抱歉 因為我還沒把ububtu的中文輸入法弄好
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