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[GROMACS] Gromacs protein-ligand complex MD教學 (0519更新v2)

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发表于 2017-5-12 16:26:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 HarrisLin 于 2017-5-19 16:49 编辑




2017.05.19. 更新v2
1. 修正部分文字/標點錯誤
2. 調整部分檔案命名方式使其前後關係更容易辨識
3. 不同步驟時的.mdp檔名修正(sol/min/nvt/npt/md)並微調內部設定
4. 提供此處與google雲端硬碟下載上述.mdp和acpype.py壓縮檔
5. 新增簡易結果RMSD分析與MD最終結構轉PDB步驟
6. 增添一些網路教學資源連結



謝謝Sob老師和各位的指點
終於把Gromacs的安裝和蛋白配體複合體MD基礎都學會了
雖然接下來還要研究怎麼分析結果(躺

我是實驗室第一個轉行用Gromacs的人(過往都用DS)所以寫了份教學就順便上來分享給需要的人
因為是邊操作邊寫的簡易教學 中間不少嘗試錯誤和改來改去 如果產生筆誤歡迎指正 我會盡快修改
另外就是渣英文傷眼抱歉 因為我還沒把ububtu的中文輸入法弄好


Gromacs 2016.03. protein-ligand MD simulation tutorial v2.pdf

461.9 KB, 下载次数: 80

Gromacs mdp & acpype script.rar

38.4 KB, 下载次数: 38

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发表于 2017-5-13 15:02:28 | 显示全部楼层
到底是bcc电荷好,还是RESP?

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发表于 2017-5-13 20:29:14 | 显示全部楼层
greatzdk 发表于 2017-5-13 15:02
到底是bcc电荷好,还是RESP?


原理上来说RESP更好,AM1-BCC当初也是作为更方便、快捷地获得与RESP质量相近的电荷而提出的。
但实际当中AM1-BCC结果不一定比RESP差
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 楼主| 发表于 2017-5-19 16:50:07 | 显示全部楼层
更新 v2
頂一下給需要的人

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发表于 2017-5-21 10:10:33 | 显示全部楼层
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