使用LMOD/module管理conda环境变量

Stardust0831

最近拜读@Uus/pMeC6H4-/キ 老师的《私用小电脑WSL2装RockyLinux10虚拟机，及LMod管理OpenMPI-4.1.8, ORCA-6.1.1等的笔记》
里面提及了conda相关的环境变量管理，但似乎反激活机制仍有欠缺，在实际使用时，即使取消了conda的激活，也依然可能会有一部分conda的环境残留。
这可能会导致预期外的软件版本、报错的出现，一个例子就是可能会因为LD_LIBRARY_PATH的污染导致OpenSSL version mismatch而使ssh相关的功能失效。
这里共享出目前的用于生产环境中对conda环境管理的module文件，已经尽力避免了环境变量残留，如您发现有缺陷，还请多指教。
这个是lmod用的lua文件：

1. -- -*- lua -*-
   
2. local conda_root = "/opt/devtools/anaconda3"
   
3. local env_script = "/opt/envs/anaconda3.env"
   
4. 
   
5. source_sh("bash", env_script)
   
6. prepend_path("PATH", conda_root .. "/bin")
   
7. prepend_path("PATH", conda_root .. "/condabin")
   
8. 
   
9. if (mode() == "remove") then
   
10.     local cleanup_list = {
    
11.         "CONDA_EXE", "CONDA_PYTHON_EXE", "CONDA_SHLVL", "CONDA_PREFIX",
    
12.         "CONDA_DEFAULT_ENV", "CONDA_PROMPT_MODIFIER", "CONDA_PREFIX_1",
    
13.         "_CE_M", "_CE_CONDA"
    
14.     }
    
15.     for _, var in ipairs(cleanup_list) do
    
16.         unsetenv(var)
    
17.     end
    
18. 
    
19.     LmodMessage("Cleaning up Conda environment...")
    
20.     execute{cmd="export PATH=$(echo $PATH | tr ':' '\\n' | grep -v -E 'anaconda3/bin|anaconda3/condabin|/.conda/envs/' | paste -sd ':' -)", modeA={"remove"}}
    
21.     execute{cmd="while [ ${CONDA_SHLVL:-0} -gt 0 ]; do conda deactivate; done; unset -f conda __conda_activate __conda_reactivate; hash -r", modeA={"remove"}}
    
22. end

复制代码

这个是给module用的tcl文件：

1. #%Module1.0
   
2. conflict conda
   
3. set conda_root "/opt/devtools/anaconda3"
   
4. set env_script "/opt/envs/anaconda3.env"
   
5. 
   
6. if { [module-info mode load] } {
   
7.     if { [file exists $env_script] } {
   
8.         source-sh bash $env_script
   
9.     }
   
10.     prepend-path PATH "$conda_root/bin"
    
11.     prepend-path PATH "$conda_root/condabin"
    
12. }
    
13. 
    
14. if { [module-info mode remove] } {
    
15.     puts stdout "while \[ \${CONDA_SHLVL:-0} -gt 0 \]; do conda deactivate; done;"
    
16.     set cleanup_list {
    
17.         CONDA_EXE CONDA_PYTHON_EXE CONDA_SHLVL CONDA_PREFIX
    
18.         CONDA_DEFAULT_ENV CONDA_PROMPT_MODIFIER CONDA_PREFIX_1
    
19.         _CE_M _CE_CONDA __MODULES_SHARE_PATH
    
20.     }
    
21.     foreach var $cleanup_list {
    
22.         unsetenv $var
    
23.         puts stdout "unset $var;"
    
24.     }
    
25.     puts stdout "unset -f conda __conda_activate __conda_reactivate __conda_hashr __add_sys_prefix_to_path __conda_exe __conda_s_rc;"
    
26.     puts stdout "export PATH=\$(echo \$PATH | tr ':' '\\n' | grep -v -E '/.conda/envs/|/anaconda3/bin|/anaconda3/condabin' | paste -sd ':' -);"
    
27.     puts stdout "unalias conda 2>/dev/null; hash -r;"
    
28. }

复制代码