[GROMACS] 求助：GROMACS建模环肽体系，如何参数化非标准硫缩醛桥（-S-CH2-S-）

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发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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求助各位老师，尝试对环肽进行溶液体系建模时遇到了困难，肽段包含一个非标准的硫缩醛桥（-S-CH2-S-）连接 Cys3 和 Cys12
前期思路是把 -CH2- 当成一个两端与 Cys 成键的共价配体来处理，因为它看起来就是在二硫键中间插入一个亚甲基
请问各位老师有没有什么方法对这样的环肽硫缩醛桥进行参数化
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