求助：模拟小分子在纤维素体系扩散，不同温度下体系密度相差很大

hhcs · 发表于 Post on 2026-3-9 09:53:34

本帖最后由 hhcs 于 2026-3-9 09:56 编辑

大家好，刚接触GROMACS不久，在模拟小分子物质在纤维素体系下扩散时候遇到以下问题：
最开始使用2018版本进行模拟，由于单独的PR压浴总是报错，故选择了先进行了500Ps的NVT模拟后面进行了50ns的NPT（看过公众号社长对什么时候用NVT,NPT进行了说明，但直接用NPT总会报错，所以还是先进行了NVT）。但模拟得到的MSD结果不符合温度越高，MSD斜率越大条件，并且在尾端出现了MSD下降的情况；故考虑换更稳定的 C-rescale压浴进行模拟尝试，选择了2025版本，得到的MSD如图1所示。

通过gmx energy命令检查了358K多个参数是平衡的，故选择了20ns-25ns之间计算斜率，如图2。但考察了所有体系的体积和压力时，与358K相差很大，有的竟未平衡如图3，2018版本时候密度都在十几纳米时候都已经稳定在了1400左右。另外50ns后盒子快照如图4.5

体系组成为：5条高分子链；11个小分子A，28个小分子B，总原子数为6000+。
具体的mdp文件如附件，不同模拟条件只是更改了温度。

npt.txt (1.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

nvt.txt (1.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
不知道该如何排查，还请各位大佬多多指教。

sobereva · 发表于 Post on 2026-3-11 06:33:53

278K的截图里存在大量真空区，一看就明显不合理。当前当前体系也太小了。PS：被统计的同种分子越多，统计误差越小、MSD曲线越容易光滑。MSD末端统计误差相对大，不需要考虑）

yuzc · 发表于 Post on 2026-3-11 14:47:41

无定形纤维素是有链刚性的，自己写一个循环退火脚本或者参考EQ21方案充分松弛你的体系。
您可以从高分子物理的角度去判断多糖类聚合物的链松弛问题。

hhcs · 发表于 Post on 2026-3-19 16:26:10

sobereva 发表于 2026-3-11 06:33
278K的截图里存在大量真空区，一看就明显不合理。当前当前体系也太小了。PS：被统计的同种分子越多，统计误 ...

谢谢社长，我先增加一下分子数量

hhcs · 发表于 Post on 2026-3-19 16:26:35

yuzc 发表于 2026-3-11 14:47
无定形纤维素是有链刚性的，自己写一个循环退火脚本或者参考EQ21方案充分松弛你的体系。
您可以从高分子物 ...

好嘞好嘞，感谢您的回复，我尝试一下

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