[Amber] 求助：跑path的时候氧阴离子环上的主链氢总是不受控制的往小分子上跑

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Orangefish

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发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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本人做的是酶蛋白反应，在催化三联体中进行脱酰化反应，设置扫描的path中只涉及一个水的键断裂，但是控制小分子的氧阴离子环上的主链H总是会跑到小分子上，这种情况是合理的吗，如果不合理应该如何处理，一开始的H键距离是1.78（初始结构有2.65但是一优化就会靠近但是也未成键）。图片上传失败，我等会再试试传图片。
请各位大佬赐教QwQ

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