高斯进行基于单晶结构的分子晶体3*3*3模型的oniom计算输入文件请教

yzh

请教一下各位老师：
       需要通过高斯进行oniom计算，具体过程如下：
       通过量子力学/分子力学QM/MM） 方法， 利用 ONIOM 模型， 基于实验的单晶结构构建了 3×3×3 的双层模型。在分层处理中， 将中心的单个分子作为 QM 层， 采用与液相下相同的 PBE0-D3 方法来
进行计算， 将周围对称的26个分子作为MM层， 采用有效力场方法（Universal Force Field,UFF） 。 在 ONIOM 模型中进行几何结构优化时， 只有中心的 QM 分子进行了结构弛豫，其余 MM 部分的结构被冻结处理。

      我通过vmd的molUP构建了相应的高斯输入文件cu5-oniom-2.gjf（附件）。
      请教一下老师：
1、中心单个分子采用pbe0-d3定义的cu的赝势基组在gjf的末尾输入形式是否正确？
2、其他26个分子采用UFF立场的输入定义是否正确？
3、计算关键词#p opt freq=(noraman,savenormalmodes,modelmodes) oniom(pbe1pbe/genecp/fit:uff/amber=softfirst) em=gd3bj的输入是否存在问题？
4、采用40GB内存，32核心的7V12的设定计算资源是否足够？

谢谢！

sobereva

建议直接用def2-SVP，省得写错的可能

noraman完全多余，下文说了
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

/fit完全多余，Gaussian根本不支持对杂化泛函用密度拟合

Universal Force Field,UFF 应当叫普适或通用力场

色散校正的设置应当写到pbe1pbe/genecp后头

我不知道你算这个的目的何在。你当前这么算明显不合理，连原子电荷都没考虑。若无必要非得用ONIOM的话，远不如直接用CP2K当周期性体系计算

yzh

sobereva 发表于 2026-3-11 07:17
建议直接用def2-SVP，省得写错的可能

noraman完全多余，下文说了

谢谢老师，这个主要是计算固相（薄膜）状态下化合物的光学性质，推测一下薄膜状态下分子性质（UV和PL）等。我再试试，不行的话我考虑用CP2K试试。
谢谢