模拟轨迹中如何定位过量质子

aipacino

请教一下各位老师，我想研究酸水溶液中的过量质子转移，但是除了水合氢离子，还有别的质子状态，在模拟轨迹中，有没有什么办法可以定位这个过量的质子在哪里？

yxdd98

这个我估计得自己写脚本，根据距离关系判断是否成键，再根据成键数与中性分子差异来判断是否形成了质子化结构。我之前用AIMD模拟了仅含一个质子的醇水溶液，发现在有限模拟时间内质子转移没那么频繁，基本人工就能看出来质子归属，但质子数一多模拟时间一长估计还是得写脚本了