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[GROMACS] 请教gromacs退火温度设置报错

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Level 3 能力者

给位老师好。我在用GROMACS学习蛋白-配体体系的退火操作,我在完成能量最小化的操作后,进行的操作为
1.创建索引组,合并蛋白和配体为一个温度耦合组
gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx
2.短时间的NPT 平衡(100 ps)
3.生成 md.tpr
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md.tpr
在这一步一直报错,我尝试了很多改动仍没有解决,去官网查看手册也没有解决,想请教老师们有什么解决办法

我也附上我NPT 平衡的.mdp文件和退火的md.mdp文件,麻烦各位老师了


npt.mdp

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md.mdp

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Level 5 (御坂)

A Student

2#
发表于 Post on 2026-3-17 17:23:54 | 只看该作者 Only view this author
温度两组就两个annealing,例如periodic periodic
gmx 手册mdp options页面有示例和说明的。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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