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[新手求助] π (pi)面氢键

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发表于 2017-5-16 08:42:51 | 显示全部楼层 |阅读模式


请问老师,π (pi)面氢键应该怎样来验证?可以通过做哪些分析得到?
还有,C24能与其周围的-COOH 和 -NH2基团形成 π 面氢键氢键吗?

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发表于 2017-5-16 13:53:21 | 显示全部楼层
参考《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》http://sobereva.com/252
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发表于 2017-5-16 15:33:34 | 显示全部楼层
最简单的就是用RDG方法考察,
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

2L链接里其它方法很多也可以用
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 楼主| 发表于 2017-5-16 18:36:07 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-5-16 15:33
最简单的就是用RDG方法考察,
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

老师,这是C24 分子放入由氨基酸构成的笼状结构中,已经做了图形化分析,两者之间大部分是绿色小部分为棕色,怎么判断是否为π 面氢键呢?
还有就是放入C24以后,构成笼子 骨架的 –C=O…HOOC–和–HN…HOOC– 氢键变短了,这会是两者间形成了π 面氢键引起的吗?还是其他什么原因?  审稿人提出了这个问题,现在百思不得其解,望老师指点一下

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发表于 2017-5-17 01:52:30 | 显示全部楼层
wweng 发表于 2017-5-16 18:36
老师,这是C24 分子放入由氨基酸构成的笼状结构中,已经做了图形化分析,两者之间大部分是绿色小部分为棕 ...

没具体图像说不清楚
是不是pi氢键,只要原子位置上符合pi氢键,而且pi平面和氢原子之间有大面积绿色或淡蓝色RDG等值面,就可以说明形成了pi氢键
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 楼主| 发表于 2017-5-17 08:40:44 | 显示全部楼层
本帖最后由 wweng 于 2017-5-19 21:42 编辑
sobereva 发表于 2017-5-17 01:52
没具体图像说不清楚
是不是pi氢键,只要原子位置上符合pi氢键,而且pi平面和氢原子之间有大面积绿色或淡 ...

老师,这是图像,H原子与C24中C与原子的距离约为3.5Å,这样的可以说明H与C24 形成了pi氢键吗?

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发表于 2017-5-17 11:25:23 | 显示全部楼层
wweng 发表于 2017-5-17 08:40
老师,这是图像,H原子与C24中C与原子的距离约为3.5Å,这样的可以说明H与C24 形成了pi氢键吗?

只要氢冲着碳环的方向有一片等值面就算
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 楼主| 发表于 2017-5-17 12:06:03 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-5-17 11:25
只要氢冲着碳环的方向有一片等值面就算

老师,那就是说不用管H原子与C24之间的距离,只要两者间有一片等值面就算,是怎样吗?

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发表于 2017-5-17 21:49:52 | 显示全部楼层
wweng 发表于 2017-5-17 12:06
老师,那就是说不用管H原子与C24之间的距离,只要两者间有一片等值面就算,是怎样吗?

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 楼主| 发表于 2017-5-19 08:32:21 | 显示全部楼层
本帖最后由 wweng 于 2017-5-19 08:51 编辑

老师,您说“只要原子位置上符合pi氢键”  ,典型的pi 面氢键,通常的H原子指向pi 体系的中心,那我的这种结构虽然有RDG面,但位置好像不太合适,可以符合形成pi 键吗?

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发表于 2017-5-19 16:01:05 | 显示全部楼层
wweng 发表于 2017-5-19 08:32
老师,您说“只要原子位置上符合pi氢键”  ,典型的pi 面氢键,通常的H原子指向pi 体系的中心,那我的这 ...


光从两张图我看不清楚位置。反正至少在垂直于X-H键的方向上得能穿过RDG等值面,否则肯定说不通存在pi氢键
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