GROMACS跑NPT体系一直崩溃

ikik

新手刚接触gromacs，最近在学习使用gromacs，首先我用packmol搭建盒子，然后用sobtop软件生成.itp和.top文件，了解到用Packmol构建的体系是比较松散的，需要在NPT下跑一下MD，于是我先对体系进行能量极小化，然后再用能量极小化后的输出文件进行NPT，但体系一直崩溃，.mdp文件按照网上的方法改了很多次还是没有用，希望有大佬能帮我看看是什么原因

KazusaT

你是不是整个体系用sobtop生成的itp文件，这样不合理，把Al簇和你的有机小分子分开构建

ikik

KazusaT 发表于 2026-3-24 17:53
你是不是整个体系用sobtop生成的itp文件，这样不合理，把Al簇和你的有机小分子分开构建

最开始的时候就是分开构建的，但跑NPT的时候也崩溃了，后来我看到sob老师在这里（http://sobereva.com/soft/Sobtop/中FAQ4）说到比较推荐把阴阳离子对作为一个整体来插入，所以我就怀疑是不是没有这么做才导致奔溃的

KazusaT

ikik 发表于 2026-3-24 18:15
最开始的时候就是分开构建的，但跑NPT的时候也崩溃了，后来我看到sob老师在这里（http://sobereva.com/so ...

是“把阴阳离子对作为一个整体来插入”而不是作为一个整体构建拓扑文件。

我强烈建议（这也是GROMACS的良好使用习惯），对体系中每种通过bond项（用于描述有显著共价特征的化学键，也包括配位键）连接到一起的片段，用Sobtop单独产生拓扑文件，并计算其原子电荷。比如离子液体，由于阴阳离子间是非共价作用，模拟过程中可以自发分离开，因此就应当对阳离子和阴离子部分分别照常产生拓扑文件，然后把二者的itp都include到主top文件里，并且把二者中的[ atomtypes ]也都合并、去重后挪到主top的[ defaults ]字段的后面去。