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[GROMACS] 求助:能量极小化后分子跑到真空层另一侧了

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盒子左边有一层薄冰大概1.5nm,右侧有8.5nm左右的水层,再右侧是20nm的真空层,我在GROMACS中能量极小化后,在z=30nm处出现了少量的水分子,不知道是什么原因想求助大家。能量极小化之前已经固定了冰的位置。
大概步骤:先在含有冰的盒子里用solvate命令加水,然后在VMD中把冰缝隙的水分子去除后生成固定冰再跑的能量极小化。

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发表于 Post on 2026-3-29 00:42:28 | 只看该作者 Only view this author
周期性边界的事,如何处理要先看模拟目的。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2026-3-29 04:09:04 | 只看该作者 Only view this author
左侧和右侧其实是同一个地方,盒子是周期性的,你要是看着不爽干脆就把冰和水放到盒子中间去,让两边都是真空层。

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发表于 Post on 2026-3-29 06:00:18 | 只看该作者 Only view this author
想挪到中间去,用gmx editconf结合-translate [平移矢量] 就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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开心小鲨鱼 ORCA的饲养员/夜宵

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发表于 Post on 2026-3-29 13:51:08 | 只看该作者 Only view this author
如果不需要重点研究水分子在液气界面的扩散,可以把冰 水上移1-2 A,然后在z=0 z=max加两个墙,防止水分子从盒子上面穿过盒子跑到下面。这样你也不用很大的真空层,可以节省模拟时间
做成二维周期性的



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-29 15:33:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-29 06:00
想挪到中间去,用gmx editconf结合-translate [平移矢量] 就完了

明白了,感谢sob老师解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-29 15:34:00 | 只看该作者 Only view this author
SharkYYX2025 发表于 2026-3-29 13:51
如果不需要重点研究水分子在液气界面的扩散,可以把冰 水上移1-2 A,然后在z=0 z=max加两个墙,防止水分子 ...

感谢老师的解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-29 15:34:32 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2026-3-29 04:09
左侧和右侧其实是同一个地方,盒子是周期性的,你要是看着不爽干脆就把冰和水放到盒子中间去,让两边都是真 ...

感谢老师的解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-29 15:35:39 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-3-29 00:42
周期性边界的事,如何处理要先看模拟目的。

好的,感谢老师

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