图片所示的可视化出图是用啥软件出的呢

JIAO0525 · 发表于 Post on 2026-3-29 22:43:04

KazusaT · 发表于 Post on 2026-3-30 05:51:20

有点像ChimeraX

sobereva · 发表于 Post on 2026-3-30 09:55:13

用VMD完全可以，需要开ambient occlusion、恰当定义rep和选择材质，并且tachyon渲染。VMD熟练的话最多几分钟就能画出来

JIAO0525 · 发表于 Post on 2026-3-30 10:06:48

sobereva 发表于 2026-3-30 09:55
用VMD完全可以，需要开ambient occlusion、恰当定义rep和选择材质，并且tachyon渲染。VMD熟练的话最多几分 ...

好的老师，我去试一下

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 2026-3-30 12:44:32

本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-3-30 12:48 编辑

我猜是用PyMol
但我用VMD试了下，也差不多，选择licorice bonds dynamicbonds然后调粗化学键，可以达到类似的效果

分类 VMD 下的文章 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/category/VMD/
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/624
VMD里原子选择语句的语法和例子 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/504
VMD调色盘 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社  http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&highlight=VMD

student0618 · 发表于 Post on 2026-3-30 13:50:17

本帖最后由 student0618 于 2026-3-30 13:54 编辑

原文 https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abb6049 有提到部分分析用 visual molecular dynamics (即VMD) 的plugin，很可能直接vmd用sob老师说的方法渲染。一楼的图A那个line+licorice组合的style也很VMD。

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