“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 105|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Sobtop] 使用sobtop产生二氧化硅的拓扑文件出现闪退

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

111

eV
积分
118

Level 2 能力者

本帖最后由 咚Tong咚咚 于 2026-3-31 17:24 编辑

参照Sobtop例9的步骤,预产生CLAFF力场二氧化硅的拓扑文件,以后续在gromacs中模拟石英壁面,参照J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1255-1266一文中给出的CLAFF力场下的二氧化硅的原子电荷、LJ参数写入到了assign_AT.dat和LJ_param.dat中。
assign_AT.dat添加如下:
$Si_claff 2.1
nbond 4
element Si
$O_claff  -1.05
nbond 2
element O
LJ_param.dat添加如下:
Si_claff   1.853       1.8405E-06;Si in claff st
O_claff   1.777       0.1554 ;O in claff ob
由于CLAFF力场中Si-O-Si 框架结构完全依靠非键相互作用来维持结构,不定义SI-O的键伸缩和角弯曲项。
在启动sobtop后依次输入了sio.pdb;1;5;但是在输入0//进入下一步后按回车sobtop就会闪退,请问各位是因为什么呢?非常感谢。






202603311720572672..png (87.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

输入1产生top文件

输入1产生top文件

202603311720224513..png (105.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

上传pdb文件

上传pdb文件

202603311721449168..png (78.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

输入5

输入5

sio2.zip

93.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

sio2.zip

93.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126137

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2026-4-1 05:33:09 | 只看该作者 Only view this author
1.8405E-06后面不能没有空格而紧跟着;,否则sobtop没法读取数据
那叫CLAYFF
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-13 10:04 , Processed in 0.226695 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list