微塑料 膜模拟建模方法请教

xcgotk

请教各位老师，我想要模拟一个膜状微塑料，我查到例如聚乙烯的聚合度大概在5000-10000
我的思路是
思路一：

• 取一个5000聚合度的聚乙烯（链状），在gromacs下得到一个合理的构型
• 将多个上述构型放在一起充分平衡
• z方向施加一个力，将整体结构压成一个薄片
• 在正式的体系里面限制聚乙烯模z方向的移动
  

问题：

• 第2步的过程能否充分让每个分子交杂在一起，如果不能，结构会不会太松散
• 第4步如果不限制z方向的移动膜会不会再变回原本的球状
  

思路二：

• 将足够量的5000聚体（链状）一起平衡，这样他们挛缩到一起一定会充分交杂
• 同上3,4步
  

问题：

• 我在尝试800聚体的过程中，仅4000多原子，盒子大小为100*100*5nm，目的是能够将聚乙烯分子完整放在盒子里（100*100*1nm会出现跨盒子，后续不好处理），没有水分子，此时5070占用为100%，但是速度远远慢于我们几万原子的体系，这是因为盒子太大嘛，这种情况下有什么好的方法能提高处理5000聚体的速度嘛
• 如果我想手动弯折链状分子，有什么好用的工具呢
  

student0618

参考这篇综述：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.macromol.5c01166
普通Polymer也可以试试CHARMM-GUI的polymer builder

xcgotk

student0618 发表于 2026-4-2 12:49
参考这篇综述：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.macromol.5c01166
普通Polymer也可以试试CHARMM-GUI ...

好的，感谢您的回复，我学习一下

sobereva

1 用PME算静电作用时，盒子越大傅里叶变换用的格点数越多，耗时越高。绝不是光看原子数