本帖最后由 resp 于 2026-4-2 14:16 编辑
体系中包括一个有机阳离子（包含一根烷氧基氧上孤对电子对碳正离子的配位键，在通过sobtop生成拓扑文件时已经当作键连上了，原子间距离较大）、一个Ga中心配合物阴离子、1100个DCM分子
我在完成em能量最小化之后获得了em.gro（附件中），此时体系的键连是相对合理的。之后我以此结构为基础进行npt模拟，但是在第一步升温npt时发现阳离子结构碎裂，如示意图所示
图：碎裂的体系
图：阳离子原本结构
以下为我的mpt-heat.mdp文件的内容
integrator = md
dt = 0.002
nsteps = 100000
nstxout-compressed = 5000
nstenergy = 500
nstlog = 5000
cutoff-scheme = Verlet
nstlist = 20
pbc = xyz
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.2
rvdw = 1.2
DispCorr = EnerPres
constraints = h-bonds
constraint-algorithm = LINCS
tcoupl = V-rescale
tc-grps = System
tau-t = 1.0
ref-t = 193
annealing = single
annealing_npoints = 3
annealing_time = 0 100 200
annealing_temp = 0 193 193
pcoupl = C-rescale
pcoupltype = isotropic
tau-p = 5.0
ref-p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
gen-vel = yes
gen-temp = 5
continuation = no
图：左侧为体系始态 右侧为跑了若干步之后的状态，阳离子中的键被不适当地连续拉长，最终分子碎裂
应该并不是周期性设置不恰当，而是出现了一些其他问题
请问这里为什么会碎的这么剧烈，以及有没有什么解决办法（体系可能不能通过坐标冻结或者设置极高力常数的形式限制），谢谢！
em.gro
(5.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
| 
发表于 Post on 2026-4-2 09:51:26
|
只看该作者 Only view this author
|只看大图 View big picture
|倒序浏览 Reverse view
|阅读模式 Reading model
收藏 Add to favorites
楼主 Author