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[VMD] 构建蛋白和配体时使用VMD程序移动配体会出现键连

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我在构建蛋白质和配体体系。我先用pdb2gmx 生成了蛋白质的gro文件(Amber力场),然后基于Sobtop生成了配体的gro文件和top文件。我想让配体和蛋白在盒子里直接模拟,所以直接将配体gro文件内容粘贴到了蛋白质gro文件最后,另存为复合体系gro文件。我把这个复合体系gro文件用VMD程序打开,发现配体和蛋白混在一起(位置交错),所以选中配体,使用mouse-move,试图将配体拉出来提到蛋白边上,但是移动的时候会出现配体和蛋白链接的情况,请问各位老师这个是为什么呢?这个键链接代表什么呢?如何解决这个问题呢,谢谢各位老师。

202604060212034033..png (595.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

选中配体mouse-move后键连接

选中配体mouse-move后键连接

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发表于 Post on 2026-4-6 03:02:41 | 只看该作者 Only view this author
VMD根据载入的结构判断成键关系,由于配体和蛋白质有显著重合,所以一开始判断出了键,拉远后成键关系依然维持。
移动配体后重新判断成键关系就完了,参考下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-6 03:14:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-6 03:02
VMD根据载入的结构判断成键关系,由于配体和蛋白质有显著重合,所以一开始判断出了键,拉远后成键关系依然 ...

谢谢社长指导

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