求助A+B=C的有机反应台阶图初始能量怎么计算

renzhuli · 发表于 Post on 2026-4-12 22:30:00

我想算一个有机反应过渡态的台阶图，比如A+B=C的一个偶联反应, 当我需要反应物A和B的初始能量时，需要怎么计算，是单纯给A和B建立gjf文件opt计算吗？还是将A B放在一个gjf文件里一起opt计算，如果分开计算那么初始能量就是A和B的单点能加和吗？如果放在一起计算那么两个反应物在摆放位置上有要求吗？需要怎么摆放呢？
谢谢各位大佬！

pikachuupup · 发表于 Post on 2026-4-12 22:51:25

本帖最后由 pikachuupup 于 2026-4-13 09:06 编辑

如果你此处的“台阶图”是我理解的势能面PES的话：
反应零点一般有两种选择方法，一种是选择单独的A和B作为反应零点，此时你需要将A和B分开优化，得到热力学量并加和；第二种是将A和B组成的复合物作为反应零点，此时你需要将A和B放在一个文件里优化，拿到A和B的复合物的热力学量
摆放要靠化学直觉，我建议先找过渡态，然后做IRC找两个端点再优化，其中一个端点优化完就是产物，另一个端点优化完就是刚才提到的A和B的复合物
ps：一般用热力学量（ΔG、ΔH）进行PES绘制，很少只用单点能

renzhuli · 发表于 Post on 2026-4-12 23:06:25

pikachuupup 发表于 2026-4-12 22:51
如果你此处的“台阶图”是我理解的势能面PES的话：
反应零点一般有两种选择方法，一种是选择单独的A和B作 ...

对的佬就是这种图感谢感谢

renzhuli · 发表于 Post on 2026-4-12 23:08:18

这种图

KazusaT · 发表于 Post on 2026-4-13 00:59:51

这种显然就是如2L所说的两种都画了，0对应的是MEA和甲酸分开的能量之和，-2.5对应的是复合物的能量，也能看出来两者复合会放出2.5 kcal·mol-1的能量

renzhuli · 发表于 Post on 2026-4-13 09:52:52

KazusaT 发表于 2026-4-13 00:59
这种显然就是如2L所说的两种都画了，0对应的是MEA和甲酸分开的能量之和，-2.5对应的是复合物的能量，也能看 ...

谢谢佬我还真没注意到他是两者都算了

pikachuupup · 发表于 Post on 2026-4-13 11:33:58

renzhuli 发表于 2026-4-13 09:52
谢谢佬我还真没注意到他是两者都算了

两者都算就是我说的第一种情况，一般你用A和B分开（A和B单体）的作为零点，接下来就要展示A和B复合物的能量。
当然也有人A和B单体作为零点，然后直接连接过渡态，这种一般是因为AB复合物与A和B单体能量相差不大，没有展示的必要了，或者是他认为形成复合物的过程在机理中并非关键步骤。其实也都是看你个人取舍了。

renzhuli · 发表于 Post on 2026-4-13 11:39:16

本帖最后由 renzhuli 于 2026-4-13 11:41 编辑

pikachuupup 发表于 2026-4-13 11:33
两者都算就是我说的第一种情况，一般你用A和B分开（A和B单体）的作为零点，接下来就要展示A和B复合物的能 ...

好嘞谢谢佬

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