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[辅助/分析程序] 关于optDFTw的pbs执行文件

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发表于 2017-5-17 23:56:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
集群上装了g09,也能用optDFTw(sober老师提供的优化w)的程序,但是每次只能在一个节点下使用,而且使用optDFTw的时候,不能通过pbs投递其他任务,否则出现segmentation violation 报错。
论坛好像以前做个一个optDFw的集群任务投递的脚本,由于不是很懂这方面,所以想请教一下大神,特别是用过optDFTw的。
谢谢!

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
这个还需要看你们机器的环境变量吧。
你的高斯任务是不是通过脚本提交?把g高斯基本中的g09 XXX.gjf  换位你这里的./optDFTw
比如下面是我提交的脚本:
#!/bin/sh
#PBS -N CBP-sunhaitao-test
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=158:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe

# Envrionment setting for Gaussian09
#
export g09root=/home/software/g09D01
PATH=$g09root/g09:$PATH
export PATH
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
#
# End of envrionment setting for Gaussian09


mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID

cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID

cd /tmp/$PBS_JOBID

./optDFTw

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 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2017-5-18 08:33
这个还需要看你们机器的环境变量吧。
你的高斯任务是不是通过脚本提交?把g高斯基本中的g09 XXX.gjf  换位 ...

非常感谢,我试试!

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 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
yezhonghua 发表于 2017-5-19 16:45
非常感谢,我试试!

您好,我只要把optDFTW和templet.gjf、pbs脚本放在一个目录下面.pbs设置好g09的环境变量,这样提交pbs就可以进行计算了。请问计算的结果会以log文件进行记录么?
谢谢!

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
yezhonghua 发表于 2017-5-19 17:02
您好,我只要把optDFTW和templet.gjf、pbs脚本放在一个目录下面.pbs设置好g09的环境变量,这样提交pbs就 ...

红色为输出,蓝色为输入

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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2017-5-19 17:40
红色为输出,蓝色为输入

谢谢,我根据您提供的脚本,替换了我的g09变量,调试一下可以计算了。
再请教一下optDFTw.f90需要放在一起么,不将这个放入也可以吧。
另外请教一下,我计算时N+1.gjf不收敛,而N和N-1.gjf收敛没有问题,请问你是将N+1.gjf结构进行调整么?
或者用sober老师的帖子中处理scf不收敛的方法进行的。我的好多结构都是在计算N+1.gjf不收敛,谢谢!
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