多晶型-晶型Y-升温熔融冷却结晶-无法结晶成无定形

lixinn

各位老师好
我是模拟多晶型-晶型Y-升温熔融冷却结晶-无法结晶成无定形
我从ACPYPY得到Y晶型单个晶胞的拓扑文件，利用高斯+multiwfn 计算出电荷，替换，用高斯进行刚性扫描，拟合二面角。
扩胞3*10*10 一共1200个分子。
实验测得晶体是在93K,所以能力最小化之后，我在93K下进行NPT，提取晶胞参数和我实验值基本一致。
此后93K-300K-400K-500K-600K,100K/1NS，进行升温。
MDP文件以300为例：
title                   = NPT Heating from 93K to 300K
integrator              = md
dt                      = 0.002
nsteps                  = 500000      

nstenergy               = 2500
nstlog                  = 2500
nstxout-compressed      = 5000

cutoff-scheme           = Verlet
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.2
vdwtype                 = Cut-off
rvdw                    = 1.2
DispCorr                = EnerPres


tcoupl                  = V-rescale
tc-grps                 = System
tau_t                   = 0.1
ref_t                   = 300

annealing               = single
annealing_npoints       = 2
annealing_time          = 0   500      
annealing_temp          = 93  300        

pcoupl                  = Berendsen   
pcoupltype              = anisotropic ;
tau_p                   = 2.0
ref_p                   = 1.0 1.0 1.0 0 0 0
compressibility         =4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5

constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS

剩余文件在附件。
这一过程是因为实验观察晶型Y在升温过程中会转成O，但是在此模拟中没有观察到。
500K即将融化，550K融化，600K确保融化。通过MSD和VMD确认此过程
600K逐步降温。600-550-500-450-400-350，5K/NS
MDP文件以550c.mdp为例:

integrator              = md
dt                      = 0.002
nsteps                  = 5000000   

nstenergy               = 2500
nstlog                  = 2500
nstxout-compressed      = 5000

cutoff-scheme           = Verlet
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.2
vdwtype                 = Cut-off
rvdw                    = 1.2

tcoupl                  = V-rescale
tc-grps                 = System
tau_t                   = 0.1
ref_t                   = 550


annealing               = single  
annealing-npoints       = 2         
annealing-time          = 0 10000   
annealing-temp          = 600 550  

pcoupl      = Berendsen
pcoupltype  = anisotropic
tau_p       = 2.0      
ref_p                   = 1.0 1.0 1.0 0 0 0
compressibility         = 4.5e-5 4.5e-5 4.5e-5  0 0 0
gen_vel                 = no        

constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS

剩余文件在附件。
目前降温到了400K，正在进行350，但是每个温度，晶体结构都一样杂乱，400k在实验过程中属于结晶温度，依旧杂乱，处于无定形。
考虑到结晶成核问题，400K-350K，我用了20NS.
现在的问题就是，无论升温过程还是熔融冷却过程都无法模拟到实验观察现象。
全部过程文件在附录，超晶胞结构文件太大无法上传。只有数字的是升温过程，数字＋c的是降温过程，请问是我哪里出现的问题？
真的非常感谢！！！

sobereva

ACPYPY得到Y晶型单个晶胞的拓扑文件

应当得到的是单个分子的拓扑文件

用高斯进行刚性扫描，拟合二面角

不知道当前是什么体系，也没有扫描和拟合细节，没法判断此步的合理性。通常应当做柔性扫描

没有晶核的情况下，20ns很难观察到晶体的形成；即便有晶核，这么短时间模拟来观察晶体生长也有点短。并且注意由于力场精度原因，模拟对应的熔点很可能明显低于实验值

lixinn

sobereva 发表于 2026-4-16 14:55
应当得到的是单个分子的拓扑文件

不知道当前是什么体系，也没有扫描和拟合细节，没法判断此步的合理性。 ...

谢谢老师，是我表述错误，得到的是分子的ITP文件，是一类席夫碱，我试过只拟合电荷和拟合电荷和二面角两种，这两种在93K下得到的晶体参数都和我的实验参数差不多，前者更符合。我是分步降温的，全部下来的时间也达不到成核的要求吗，如果我让他一次均匀退火，从600-350.花的时间更长2-300NS是不是更合适，模拟的的熔点是远高于我的实验值。我添加了拟合电荷和二面角扫面的附件