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[GROMACS] 关于GPU加速效率不彰的疑问

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发表于 2017-5-18 09:51:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 k64_cc 于 2017-5-18 09:53 编辑

最近攒了一个台式机,Ryzen 1700x + GTX1080,并在上面安装了GROMACS 5.1.4。

用它跑MD时,我发现对于六万个原子的体系,这台机器的效率可以达到90ns/day,GPU可以满载运行;而对于二十二万个原子的体系就只有7~8ns/day,同时GPU占用率、显存和PCIe带宽都保持在30%以下。相对的,在天河一号节点上使用60核运算时,对于六万个原子的体系计算速度在40ns/day;对于二十二万个原子的体系,计算速度依然有15ns/day左右。

一开始我觉得可能是FFT触及了CPU的计算瓶颈,但在关闭Ewald方法后,GPU占用率依然没有提升,对于大体系的运算速度也只增加到了15ns/day,与开了Ewald方法的天河一号大致相同。

请问有人对这种情况有了解吗?造成这种现象的原因可能是什么呢?




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