gmx模拟中水合物在盒子中间震荡应该如何解决？

yue888cow · 发表于 Post on 10 hour ago

跑完md模拟后，vmd直观观察发现水合物晶体并不在盒子中保持固定，而是上下震动
如下面视频，视频来源https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.langmuir.4c03852

tbab.mp4 (1.3 MB, 下载次数 Times of downloads: 3)
md.mdp中已使用comm_mode Linear 和comm_grps System去平动
问题1：请问如何能做到像下面一样，水合物老老实实不上下震动？

微信视频2026-04-18_124415_973.mp4 (1.23 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)

问题2：仅使用上述整体去平动是否会带来控温不严格？还是说这种震动本来就是正常的，第二个视频仅仅是动画效果？
下面是我导出整个系统的温度变化（设定为260K）

student0618 · 发表于 Post on 7 hour ago

后处理轨迹用trajconv先对齐看看

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[GROMACS] gmx模拟中水合物在盒子中间震荡应该如何解决？