[GROMACS] 交联度较高分子模拟运行后真空区域较大问题

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发表于 Post on yesterday 22:27 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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各位老师好，我在做关于不同交联度分子的自由体积比较，分子的结构为图1和图2。我的模拟进行了10ns npt后进行30ns MD，产生的结果如图3和图4。对于交联度小的分子已经具有一定分子数，模拟完成后会发现体系角落存在较多的真空区域，但也能充分看到内部的空隙。但对于交联度较大的分子，几乎角落和盒子边才存在空隙，内部空隙很小，也就是周围区域存在大量的真空区如图5，我想请问这种情况1.是分子体积过大固有的问题吗还是拓补函数产生的不够正确。2.这种情况下是否产生的密度也就不合理，该怎么改善呢？

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