怎样处理对共价对接后的复合物在有机溶剂做MD模拟中蛋白质电荷不为0的问题

greatti

本人做的是含有非标准氨基酸的但蛋白质的分子动力学模拟（方法参考的是Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社），所选的溶剂是甲苯溶剂，因为是该蛋白质是酶与酯共价结合形成的酶酰复合物，在网上查找资料所选用共价对接的PH值为7.4，该PH值下复合物的c端脯氨酸是去质子化的，导致在做分子动力学模拟时复合物的电荷值不为零。请问可以直接在maestro中补齐这个氢做局部能量最小化吗？还是在社长计算resp电荷的教程中使用resp2脚本在计算几何优化之后使用几何优化的fchk文件得到pdb文件。还是通过其他方式防止脯氨酸去质子化使复合物的静电荷为0。如果该帖子表达有问题、不清晰会第一时间修改，请各位批评指正。