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[GROMACS] MD時蛋白中的配體不定期大幅度震盪位移問題

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 HarrisLin 于 2017-5-18 19:37 编辑

上一次請教完RMSD分析後 這篇
目前正在做MD後的RMSD分析

先說明狀況

1.ProteinBackbone_MOL(ligand) RMSD分析
RMSD4.jpg

2.MOL(ligand)對ProteinBackbone_MOL RMSD分析
RMSD6.jpg
從圖2可以看出我的配體會不定期從蛋白中離開並回歸 位移距離約10nm
這狀況先前我在使用Discovery Studio跑MD時也碰過
DS當時快照顯示我的配體會飄出蛋白和水盒子然後再漂回來
但是不論在DS和Gromacs MD都是順利跑完沒有報錯
所以想請問有沒有可能是在哪個環節出了問題?
如果是週期性邊界導致或是其他因素導致的正常現象
那麼該如何修正RMSD的作圖呢?

蛋白是從PDB下載的4mbs 以DS修正四個點突變(結晶結構為了穩定的突變)
之後以DS CDOCKER做對接並挑出最佳結果(順位1)然後用GROMACS跑MD
力場使用AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94  小分子用GAFF力場 dodecahedron
水邊界1nm NVT平衡過程中有給予蛋白配體束縛(-fc 1000 1000 1000 单位: kJ/mol-nm2)  溫度310k
之後NPT平衡再跑MD Production 15ns

謝謝


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公社社长

发表于 7 天前 | 显示全部楼层
正常现象
你可以用trjconv带着-pbc nojump参数处理一下轨迹得到不启用PBC的轨迹,从而避免突跃

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参与人数 1eV +1 收起 理由
HarrisLin + 1 謝謝Sob老師 之後就去測試

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