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[配置讨论] 请教电脑配置:分子动力学 + 量化优化 + 机器学习

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各位老师,大家好

我准备配一台电脑,想请教一下配置建议,目前预算是1万。

我的主要用途是:
        1.        分子动力学模拟:目前主要做膜蛋白-配体复合物体系,体系规模大约 140 万原子左右;
        2.        量化计算/结构优化:平时会做一些配体或小分子的量化优化,原子数在150左右;
        3.        机器学习:后续可能会涉及一些机器学习任务。

看了下社长的博文中(http://sobereva.com/444)有个高性价比分子动力学推荐配置,但搜了后发现价格都有不同程度的涨幅

目前就是不清楚我的使用场景下,哪些硬件最值得投入,哪些地方没必要堆太高。

有做过类似体系(尤其是大体系膜蛋白 MD)或机器学习的老师或同学,欢迎直接给我推荐一套比较实用的配置思路。谢谢大家。


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发表于 Post on 10 hour ago | 只看该作者 Only view this author
预算太少,没法兼顾,尤其是n卡和内存价格疯涨的背景下。很适合跑动力学和ML的一张GPU都赶上你的预算了
预算越少,越不可能既要又要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 9 hour ago | 只看该作者 Only view this author
140 万原子的MD模拟,预算1万是肯定不够的。
根据http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.htmlhttp://bbs.keinsci.com/thread-39266-1-1.html中的测试,你这个至少要用4090或5090才跑得动。
如果预算不够建议暂时先租用算力,如果预算可以调整,请修改预算后大家再根据你的预算回答。
江南错,错肩一瞬换无邪一生喜乐

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发表于 Post on 9 hour ago | 只看该作者 Only view this author
我买的就是社长推荐的高性价比,其他一模一样,只不过显卡换成了4070TI,感觉140w原子是很难跑动的,要提高预算才行。2月份配的,到手价格就是1w不到。

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发表于 Post on 7 hour ago | 只看该作者 Only view this author
内存32G可以将就,但是gpu就没办法了。理想的是上5090dv2或者4090,5080也凑合,再低估计就不行了。可以问以下卡哥租点算力。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-23 11:28
预算太少,没法兼顾,尤其是n卡和内存价格疯涨的背景下。很适合跑动力学和ML的一张GPU都赶上你的预算了
预 ...

请问社长,预算翻倍的话,能达到我的计算要求吗,或者说以我的计算要求,预算要在多少才合适

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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 hour ago | 只看该作者 Only view this author
wbqdssl 发表于 2026-4-23 12:28
140 万原子的MD模拟,预算1万是肯定不够的。
根据http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html和http:// ...

请问以我的计算要求的话,预算大概在多少比较合适呢,1万是现在的初步预算,可以调整,但不知道预算在什么区间比较合适,是根据444博文中极高性能分子动力学服务器来配置吗,3万左右

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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 hour ago | 只看该作者 Only view this author
K1ro 发表于 2026-4-23 12:36
我买的就是社长推荐的高性价比,其他一模一样,只不过显卡换成了4070TI,感觉140w原子是很难跑动的,要提高 ...

请问您平时主要是跑分子动力学吗,目前跑的体系原子数大概在多少啊,想预估一下我这种体系预算大概在多少比较合适

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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 hour ago | 只看该作者 Only view this author
tonganlhy 发表于 2026-4-23 14:10
内存32G可以将就,但是gpu就没办法了。理想的是上5090dv2或者4090,5080也凑合,再低估计就不行了。可以问 ...

好的,非常感谢

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发表于 Post on 6 hour ago | 只看该作者 Only view this author
wqm 发表于 2026-4-23 14:48
请问您平时主要是跑分子动力学吗,目前跑的体系原子数大概在多少啊,想预估一下我这种体系预算大概在多少 ...

是的,但做的都是小分子、小聚合物和小肽,体系原子数很小,撑死十几万吧,可能对你没什么参考价值hhh,就我这个体量的话sob老师这份高性价比很够用了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 hour ago | 只看该作者 Only view this author
K1ro 发表于 2026-4-23 15:04
是的,但做的都是小分子、小聚合物和小肽,体系原子数很小,撑死十几万吧,可能对你没什么参考价值hhh, ...

非常感谢

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发表于 Post on 4 hour ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 睡觉不打鼾 于 2026-4-23 16:55 编辑
wqm 发表于 2026-4-23 14:47
请问以我的计算要求的话,预算大概在多少比较合适呢,1万是现在的初步预算,可以调整,但不知道预算在什 ...

大哥,先去看看显卡的价格吧。现在1w也就只能买张5080,不会真想着装鞋盒里吧

以下板U显卡组合仅供参考:
1w:13400F+5070(2k+5k)
2w:9950x+5080(4k+9k)
3w:9950x+5090Dv2(4.5K+18k)

PS:如果壕无人性,可以考虑9575F+5090Dv2,年前大概是7w左右。但MD性能相比3w那套应该没有质的提升,跑DFT什么的会比3w那套强不少,作为补充。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
睡觉不打鼾 发表于 2026-4-23 16:40
大哥,先去看看显卡的价格吧。现在1w也就只能买张5080,不会真想着装鞋盒里吧。

以下板U显卡组合仅 ...

好的,了解了,谢谢

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发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
wqm 发表于 2026-4-23 14:42
请问社长,预算翻倍的话,能达到我的计算要求吗,或者说以我的计算要求,预算要在多少才合适

你要是侧重量化计算速度,弄个16条内存插满的二手双路7R32,配个中档GPU(e.g. RTX5070)
你要是侧重动力学速度,弄个9950X,配个RTX5080
量化和动力学速度都优秀,搞个单路9654配个RTX5080,但预算翻倍也不够
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-23 18:40
你要是侧重量化计算速度,弄个16条内存插满的二手双路7R32,配个中档GPU(e.g. RTX5070)
你要是侧重动 ...

了解了,谢谢社长

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