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[波函数分析求助] 使用Multiwfn研究弱相互作用时Multiwfn和gnuplot填色RDG散点图不一致?

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本帖最后由 wzy 于 2026-4-24 17:21 编辑

参照http://sobereva.com/68博文,苯酚二聚体为例介绍如何绘制sign(λ_2)ρ函数填色的RDG等值面图,
按照步骤,-1看到的散点图(黑白,左)http://sobereva.com/399博文的散点图不一样?其中彩色散点图多了红色圆圈的一部分。严格按照博文操作的。其中的几个都没出现这种情况。

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发表于 Post on 2026-4-24 09:51:10 | 只看该作者 Only view this author
我只能怀疑不是同一个体系,或者文件弄错了
散点不会无缘无故凭空出现。原始数据就在Multiwfn导出的文本文件里,仔细检查便知怎么回事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-24 17:05:15 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/68博文,苯酚二聚体为例介绍如何绘制sign(λ_2)ρ函数填色的RDG等值面图,按照步骤,-1看到的散点图(黑白,左)和http://sobereva.com/399博文 gnuplot数据作图的散点图不一样?

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发表于 Post on 2026-4-24 17:28:11 | 只看该作者 Only view this author
wzy 发表于 2026-4-24 17:05
http://sobereva.com/68博文,苯酚二聚体为例介绍如何绘制sign(λ_2)ρ函数填色的RDG等值面图,按照步骤,- ...

你在Multiwfn的后处理菜单里用选项-1看到什么散点图,导出的txt文件里面散点坐标就是什么
如果基于txt文件绘制散点图和Multiwfn直接显示的不一致,要么你把文件搞混了,要么作图设置有问题(比如坐标轴范围不一致、Origin自动开启快速模式导致少显示很多点,等等),没其它可能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-24 17:48:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-24 17:28
你在Multiwfn的后处理菜单里用选项-1看到什么散点图,导出的txt文件里面散点坐标就是什么
如果基于txt文 ...

老师,发现了是高质量格点和中等质量格点的区别

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-29 18:45:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzy 于 2026-4-29 18:48 编辑

作图时前边几个正常的,这个分子的散点图突然变成这样了,并且VMD里边也没有等值面,只有分子的结构。

202604291844373750..png (11.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

202604291844373750..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzy 于 2026-5-9 21:31 编辑
sobereva 发表于 2026-4-24 17:28
你在Multiwfn的后处理菜单里用选项-1看到什么散点图,导出的txt文件里面散点坐标就是什么
如果基于txt文 ...


老师,左图是vmd做的,显示没有弱相互作用区域,但是有图散点图显示存在弱相互作用区域。两者不一致?

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发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
wzy 发表于 2026-5-9 21:29
老师,左图是vmd做的,显示没有弱相互作用区域,但是有图散点图显示存在弱相互作用区域。两者不一致?
...

等值面数值没设合适,或者显示等值面的操作过程有问题
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本帖最后由 wzy 于 2026-5-10 13:00 编辑
sobereva 发表于 2026-5-9 23:08
等值面数值没设合适,或者显示等值面的操作过程有问题

我调等值面了,但是依旧没有任何变化;步骤和操作其他分子一样,其他分子都没出现这种情况

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wzy 发表于 2026-5-10 12:59
我调等值面了,但是依旧没有任何变化;步骤和操作其他分子一样,其他分子都没出现这种情况

当前RDG等值面数值太小,若无特殊情况一律用0.5


并且也建议用IRI
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html

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