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[文献推荐] 2026年4月份JACS对π-Stacking的综述-阅后有感而发

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无意间看到JACS上这篇关于“π-Stacking” and “π–π Stacking”的综述

Rethinking the Terms “π-Stacking” and “π–π Stacking” Again: A Proposal to Clarify the Language of Aromatic Interactions
J. Am. Chem. Soc. 2026, 148, 15, 15331–15340
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.6c03371


一看标题“Rethinking the Terms..." 感觉好熟悉,翻了下通讯作者发现果然还发表了Chem. Sci.,3 , 2191 (2012)这篇综述。我记得Chem. Sci.,3 , 2191 (2012)这个综述在社长的 谈谈pi-pi相互作用(http://sobereva.com/737) 一文中被拿来作为 ”错误鼓吹pi-pi堆积结构的形成的本质就是静电吸引作用“的典型例子。回到2026年的这篇综述,也是全文”完全没有可信、严格的理论和计算数据作为依据“,并且提出的所谓EDDIE(通讯作者是生物化学家,讨论的是水溶液环境下的pi互作)包含 Electrostatics, Dispersion, Desolvation, Induction, and Exchange-repulsion 这五种能量来源。可这里面的Electrostatics, Dispersion, Induction, and Exchange-repulsion 不就是SAPT里面的能量分解后的4种能量,再添加上一个生物分子在水溶液所带来的热力学熵效应导致的Desolvation,这个EDDIE概念有什么理论上的创新吗?

文章最后说了句
"The bottom line is that for most interacting aromatic molecules, ground-state orbital mixing is not a significant attractive force. In other words, for the large majority of cases, the terms “π-stacking” and “π–π stacking” would be mechanistically undefined, ambiguous, misleading and unnecessary because EDDIE is entirely sufficient to explain the energy and geometry of intermolecular interactions, even between so-called aromatic donor–acceptor complexes.
结论是,对于大多数相互作用的芳香分子来说,基态轨道混合并不是显著的吸引力。换句话说,在绝大多数情况下,“π堆叠”和“π-π堆叠”这两个术语在机制上是模糊、误导性的 、误导性的且不必要的,因为 EDDIE 完全足以解释分子间相互作用的能量和几何结构,即使是所谓的芳香供体-受体配合物之间。"

这就更让人迷糊了,EDDIE就是SAPT的能量组分+溶剂效应,这足够描述任何水溶液里面的任何基团之间的弱相互作用了吧,岂不是对“含有pi电子基团”或者“不含有pi电子基团”没有了区分?

以上是我的个人看法,不知道理解的对不对?总之我是看完感觉没什么收获并且一头雾水

第一次发帖,不知道板块和主题写的对不对,若有错误还请社长见谅


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发表于 Post on 2026-4-24 04:13:01 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2026-4-24 09:38:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-24 04:13
**** 本内容被作者隐藏 ****

应该感叹的是这样的文章也能发,而且发到JACS

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发表于 Post on 2026-4-24 09:59:16 | 只看该作者 Only view this author
昨晚看到那个文章时候 我也是懵的,而且想法和楼主一个样。
能发到JACS的总归还是有两把刷子的,至于这个是刷脸的还是刷墙的,那就待世人评说了。

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恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2026-4-24 13:10:03 | 只看该作者 Only view this author
不清楚文章作者是怎么刷到JACS上的
求真务实!脚踏实地!

量子力学的忠实爱好者,爱屋及乌,以至于后来做了量子化学计算!
喜研究算法,对FORTRAN语言抱有偏爱!
偶尔研究分子动力学模拟,第一性原理计算也稍有涉猎(起初是大体系量化算不动的无奈之举,后产生了一丝丝感情)

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发表于 Post on 2026-4-24 14:07:46 | 只看该作者 Only view this author
期待有英雄去PubPeer专帖出英文rebuttal来表达观点。

话说这个“去溶剂项”有没有成熟的计算protocol,怎么从显式溶剂模型的长时间分子动力学模拟统计出来,以及有没有更便宜/通用的理论方法来预测?
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发表于 Post on 2026-4-24 14:21:38 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-4-24 14:07
期待有英雄去PubPeer专帖出英文rebuttal来表达观点。

话说这个“去溶剂项”有没有成熟的计算protocol, ...

隐式溶剂模型做静态计算,以及显式溶剂模型结合MD,都可以算出来溶解自由能,结合前后的这项求差即是,下文里也提到了溶剂效应对结合能的贡献
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2026-4-24 14:45:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-24 14:21
隐式溶剂模型做静态计算,以及显式溶剂模型结合MD,都可以算出来溶解自由能,结合前后的这项求差即是,下 ...

我看到自己在thread-50890-1-1.html的问答了,现在看来还有个细节不够清楚。如果关心“去溶剂项”(在之前的讨论叫“疏水作用”)里具体到溶剂分子在溶剂化层里构型分布带来的熵的贡献部分,是不是一定需要显式溶剂模型MD来采样统计呢?有哪个隐式溶剂模型在设计之初不是对总的溶解自由能拟合,而是对溶解焓和/或溶解熵分别拟合的呢?
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发表于 Post on 2026-4-24 15:46:33 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-4-24 14:45
我看到自己在thread-50890-1-1.html的问答了,现在看来还有个细节不够清楚。如果关心“去溶剂项”(在之 ...

据我所知没有隐式溶剂模型能分离出溶解焓和溶解熵
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发表于 Post on 2026-4-24 18:23:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-24 15:46
据我所知没有隐式溶剂模型能分离出溶解焓和溶解熵

sob老师好,我想借楼问一下,您之前在其他帖子里提到过隐式溶剂模型如SMD计算的溶解自由能并不能完全反映溶质在溶剂里的稳定化程度(比如没法显式考虑氢键、疏水作用等),那如果是MD计算的溶解自由能甚至说实验测得的溶解自由能,能用来定量说明某溶质在不同溶剂里的稳定化程度吗?

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发表于 Post on 2026-4-24 18:54:39 | 只看该作者 Only view this author
yxdd98 发表于 2026-4-24 18:23
sob老师好,我想借楼问一下,您之前在其他帖子里提到过隐式溶剂模型如SMD计算的溶解自由能并不能完全反映 ...

SMD有非极性项,对结合过程中的疏水作用可以体现。

如果你是指溶剂对溶质的稳定化作用,溶解自由能直接就体现了,只不过不同方法计算的精度、能考虑进去的作用不同而已。实际上如今对隐式溶剂模型也有考虑氢键校正项的做法。
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发表于 Post on 2026-4-24 19:16:54 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-4-24 14:45
我看到自己在thread-50890-1-1.html的问答了,现在看来还有个细节不够清楚。如果关心“去溶剂项”(在之 ...

有一种比较老的方法,假设溶质从气相到溶剂相,熵减少的比例,和溶剂从气相到溶剂相的熵减少的比例相同。然后查一下气相溶剂和液相溶剂的熵,就行了。我这样算过溶剂里的一个金属有机反应的熵变,气相计算值大概60 cal/(mol·K),溶液相计算值44,实验值31。不太准,但趋势是对的。不知道这个方法在领域内的接受程度如何,未必所有人都认可
Wertz, D. H. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 5316.
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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